猪源戊型肝炎病毒上海株全基因组序列分析

摘要

目的 分析猪源戊型肝炎病毒(HEV)上海株swChinash与已知其它 HEV 基因型的差异和人源 HEV 的关系.方法 设计22对PCR引物,分片段进行扩增,两末端采用快速扩增方法(RACE)扩增,扩增产物克隆到pMD18-T载体并测序,用DNASTAR软件与53株人源和猪源HEV的基因组进行同源性分析,用Clustalx和Mega3.0软件绘制基因进化树.结果 swChinash全序列除去poly(A)尾,由7 235个核苷酸组成,ORF1～3分别编码1707,660,122个氨基酸.全基因序列与Ⅳ型的核苷酸同源性为83.4%～84.7%,与其他三型为73.3%～76.3%,其中与中国人源长春株最高,为84.7%.结论 基于ORF1～3和全长基因组的进化树,猪源HEV上海株swChinash属于基因Ⅳ型,与其他Ⅳ型HEV亲缘关系较远,单独在一个进化分支上.