利用神经网络集成预测MHC-Ⅰ类分子结合肽

摘要

目的:利用神经网络集成(NNE)预测MHC-Ⅰ类分子结合肽. 方法: 基于HLA-A·0201编码的MHC-Ⅰ类分子结合肽数据库(含有628个9聚物)及其结合能力分类,利用NNE分别对具有无、低、中和高4类亲合性的结合肽进行分类预测;同时还进一步利用T细胞真实表位集(含50个表位)评估了NNE的预测性能. 结果: 集成数为12的NNE对上述分类的平均预测命中率可达0.8,而且NNE对潜在T细胞表位的预测能力也较高,约84%的真实表位归于高和中等亲合性的潜在抗原肽一类. 结论: 可以利用神经网络集成预测MHC-Ⅰ类分子结合肽,并进而预测相应的T细胞表位.经适当修改,NNE预测工具可扩展为能涵盖任意长度的Ⅰ类分子结合肽甚至可扩展到Ⅱ类分子结合肽的预测.