SOX11在视网膜母细胞瘤中的表达及意义

摘要

目的探讨转录因子SOX11在视网膜母细胞瘤（RB）中的表达及与其表达相关的基因和细胞通路。方法在美国国家生物技术信息中心的GEO数据库中下载包含76例RB患者癌组织全mRNA表达谱的公共数据集gse59983。根据15个标记基因表达情况将其分为细胞周期标记基因组（组1）、椎光感受器标记基因组（组2）及视杆光感受器标记基因（组3）。组1、组2、组3分别包含26、4、46例患者。利用R2生物信息平台（http://r2.amc.nl）分析gse59983公共数据集,观察3组患者癌组织中SOX11的表达,同时确定SOX11相关基因。根据基因相关性,绘制聚类热图,通过京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析工具、基因注释（GO）分析法对SOX11的相关基因及通路进行初步分析。结果组1患者癌组织中SOX11表达明显高于组2、组3,差异均有统计学意义（P＆0.001）;组3患者癌组织中SOX11表达明显高于组2,差异有统计学意义（P＆0.001）。共检测出与SOX11表达显著相关的基因4524个;其中,正相关基因2139个,负相关基因2385个。筛选SOX11及与其关联性最强的16个基因绘制聚类热图,SOX11与SOX11显著关联基因的聚类形式和原始形式大致相同。KEGG及GO分析结果显示,SOX11相关基因涉及调控有丝分裂细胞周期、细胞凋亡、光感受器细胞发育、光感受器细胞保护等。结论 SOX11在不同类型或不同时期RB中的表达存在明显差异,与其表达显著关联基因参与调控细胞周期。