OrthoANI联合MALDI-TOF MS在胎儿弯曲菌鉴定与分型中的应用

摘要

目的建立新型弯曲菌一"胎儿弯曲菌龟亚种（C.fetus subsp.testudinum）"质谱超级图谱库,为临床提供新的检测平台。方法对收集的建库菌株采用Illumina二代测序平台2000/miSeq进行高通量全基因组测序,JAVA 8运行环境,进行直系同源基因的全基因组平均核苷酸一致性（average nucleotide identity,OrthoANI）分析;对收集的实验菌株、标准菌株及对照菌株进行质谱分析,建立"C.fetus subsp. testudinum"的超级图谱并验证。结果 OrthoANI分析得出:建库菌株与模式菌株C.fetus subsp. testoudinum03-427的OrthoANI值为:99.30%～99.96%,而其与C.fetus subsp. venerealisNCTC10354、C.fetus subsp.fetus82-40的OrthoANI值在91.05%～92.26%。参考OrthoANI≥95%作为同一菌种的判定依据,故将建库菌株最终鉴定为"胎儿弯曲菌龟亚种"。新建的超级图谱库鉴定准确率100%（与基因测序一致）,可信度区间为:82. 3%～99. 9%,同一菌株鉴定重复性100%。结论基于高通量测序及全基因组学分析的微生物分类新"金标准"为实验室质谱自建库提供了理想的参考价值,而建立准确、客观的"C.fetus subsp. testudinum"质谱超级参考图谱,为临床快速诊断胎儿弯曲菌感染提供了新的平台。