基于生物信息学分析筛选肝细胞癌中的核心基因：细胞周期蛋白B2可作为肝癌潜在的诊疗和预后生物标志物

摘要

目的通过生物信息学方法筛选出参与肝细胞癌（HCC）进展的核心基因（Hub gene）, 探讨细胞周期蛋白B2（CCNB2）在HCC发生发展及预后中的潜在作用。方法从GEO数据库中筛选并下载四个HCC相关数据集, 用GEO2R分析数据并鉴定差异表达基因（DEGs）。利用DAVID数据库对DEGs进行GO分析, Cytoscape的ClueGO插件完成KEGG信号通路富集分析, 并将DEGs导入STRING数据库建立蛋白相互作用（PPI）网络图, 用Cytoscape对PPI网络进行可视化, 构建关键模块（cluster）和筛选核心基因。分别使用UCSC数据库和UALCAN数据库完成核心基因在TCGA肝癌中的差异表达分析和生存分析。使用Firebrowse, Oncomine和UALCAN数据库分析核心基因在包括HCC在内的多个肿瘤中的表达。用实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检测候选基因在HCC组织和肝癌细胞系中的表达水平。结果从四个数据集中共鉴定了73个DEGs, 包括15个上调基因和58个下调基因。KEGG信号通路富集分析显示DEGs主要富集于肿瘤相关通路。基于DEGs的PPI网络图,筛选了一个关键模块和10个核心基因。CCNB2与NCAPG在多个数据库的肝癌组织中均高表达。CCNB2与NCAPG呈正相关, 被认为是与预后相关的关键基因（P ＆ 0.01）。RT-qPCR结果表明CCNB2在人肝癌组织和细胞系中高表达（P ＆ 0.01）。结论成功筛选出HCC相关的DEGs和核心基因, 其中CCNB2在HCC中高表达且与患者生存预后相关, 有望成为HCC诊疗和预后的生物标志物。