新型肠道病毒分离株（BJ302）全基因组序列测定及分析

摘要

目的测定并分析新分离肠道病毒基因组序列,从病毒的分子生物学角度研究其分类学位置。方法从1例不明病因的急性肝炎患者粪便标本中提取病毒RNA,以随机引物逆转录PCR法及5′、3′RACE扩增病毒全基因序列。将拼接得到的核苷酸序列及推断的氨基酸序列与GenBank数据库中序列进行比较并建立系统进化树。结果分离病毒基因与肠道病毒76、89型有较高的同源性,尤其是与肠道病毒89型,相应片段的核苷酸序列同源性达83%~94%,推断相应氨基酸序列同源性高达91%~100%,而与其他病毒不存在有意义的同源性;系统进化树分析显示新分离肠道病毒株属于肠道病毒属中新型肠道病毒89型一簇。结论新分离病毒属肠道病毒89型,可能为89型的一个新亚型。