乙脑病毒基因Ⅰ、Ⅲ型特异性全基因组引物

摘要

目的为构建高通量乙脑病毒全基因组序列测定平台,设计两套分别针对基因Ⅰ型和基因Ⅲ型乙脑病毒全基因组的型特异性引物。方法根据GenBank公布的乙脑病毒全基因组序列为参考信息,设计了两套基因Ⅰ型和基因Ⅲ型乙脑病毒的基因型特异性扩增测序引物。并由其测定本研究室采集并分离得到的121株乙脑病毒全基因组序列,含63株基因Ⅲ型乙脑病毒,58株基因Ⅰ型乙脑病毒。结果设计得到基因Ⅲ型乙脑病毒全基因组扩增测序引物17对,基因Ⅰ型乙脑病毒型特异性扩增测序引物16对。使用两套引物完成121株乙脑病毒全基因组序列的测定。测定完成的基因Ⅰ型乙脑病毒全基因组序列平均值为40.037,基因Ⅲ型乙脑病毒全基因组序列平均质量值为40.857。结论本研究设计的两套型特异性引物能高效特异地完成基因Ⅰ型和基因Ⅲ型乙脑病毒全基因组序列的扩增,为构建高效稳定的乙脑病毒全基因组序列测定平台奠定了基础。