2011年河南省脑炎患者柯萨奇病毒B5型分离株基因组序列分析

摘要

目的分析河南省柯萨奇病毒B5（CVB5）分离株全基因序列,了解其遗传特性。方法采集2例脑炎患者临床标本,分离病毒,提取病毒阳性分离物RNA,进行RT-PCR扩增,产物直接测序。利用DNAStar5.01和Mega 5.05软件进行全基因序列拼接及亲缘进化分析。结果获得2株CVB5分离株（03001N和17Y）全基因组序列,核苷酸长度分别为7408 bp和7404 bp,两者核苷酸同源性为97%,同2010年河南CVB5分离株同源性最高,分别为98%和99%。5′-UTR分别为747 bp和743 bp;3′-UTR区均为103 bp;病毒基因组编码区全长同为6558 bp,编码含2185个氨基酸残基的多聚蛋白,氨基酸同源性为99%。VP1区系统发生树分析显示,2株CVB5分离株进化关系较近,同近年来国内其他分离株成一簇,而2009年的河南省CVB5分离株同山东省CVB5分离株成一簇。结论河南省内存在不同CVB5株传播链的流行,此次分离株为近几年内的主要流行株。