caf1基因为靶标的鼠疫检测PCR法的改进

摘要

目的查明行业标准推荐caf1基因引物（简称行标caf1引物）进行PCR检测时,在一些非鼠疫菌上出现非特异性条带的原因,并提出解决办法。方法共选取112株菌进行试验,其中鼠疫菌40株、非鼠疫菌72株;提取菌株DNA,并对caf1基因进行PCR扩增;选择出现非特异性条带的7株菌株,进行切胶回收、纯化以及TA克隆测序;针对caf1基因重新设计引物,对被试菌株进行验证。结果使用行标caf1引物扩增40株鼠疫菌,均未出现非特异性条带,扩增72株非鼠疫菌,有58株扩增出400、500、600、700、800、900、1 000bp的非特异性条带。经克隆和测序,在非特异性产物的基因序列中均出现行标caf1引物的反向引物序列及反向引物的反向互补序列。重新设计caf1引物,扩增72株非鼠疫菌,均未出现非特异性条带。结论行标caf1引物在筛查鼠疫菌时会出现非特异性条带,使用新caf1引物可有效避免这一情况,提高检测的准确性。