敲低组蛋白甲基转移酶ASH1L基因对牛卵丘细胞表达谱的影响

摘要

旨在研究干扰类缺失的、小的、同源异形1(absent,small,or homeotic 1-like,ASH1L)甲基转移酶基因表达对牛卵丘细胞表达谱的影响。本研究采用经过筛选的siRNA干扰牛卵丘细胞中ASH1L基因的表达,分别收集干扰组和对照组细胞(野生型)进行RNA测序及基因差异表达、基因功能、信号通路、可变剪切和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)等生物信息学分析;采用实时定量PCR方法验证测序结果;每个试验3个重复。结果显示,干扰组与对照组细胞共筛选出2046个差异表达基因,其中上调基因1078个,下调基因968个;差异表达基因主要富集到2802个GO条目,如细胞分裂、细胞连接和组蛋白甲基转移酶活性;涉及到白细胞跨内皮迁移、PI3K-Akt、细胞黏附分子等53条KEGG通路。全部表达基因的基因集富集分析结果显示,ASH1L基因参与发育诱导、H3K4特异性组蛋白甲基转移酶活性、组蛋白去甲基化等生物学过程。另外,测序结果鉴出12种可变剪切方式,共117994个可变剪切事件;同时检测到522205个SNPs位点,其中碱基转换的发生频率显著高于颠换。综上所述,ASH1L基因干扰的卵丘细胞和野生型卵丘细胞的表达谱存在差异,推测该基因可能通过细胞黏附分子和白细胞跨内皮迁移等通路调节细胞生长,也可通过可变剪切和SNP影响基因表达,本试验为深入研究ASH1L对卵丘细胞增殖和胚胎发育的调控功能提供理论基础。