鸭坦布苏病毒E蛋白生物信息学分析

摘要

鸭坦布苏病毒(DTMUV)是一种能造成蛋鸭产蛋下降的新型黄病毒,E蛋白是鸭坦布苏病毒主要的抗原蛋白。本试验利用Protparam、ProtScale等相关在线软件预测分析了E蛋白的理化性质、亲水性、跨膜螺旋区、信号肽、亚细胞定位、二、三级结构和T、B细胞抗原表位以及翻译后的修饰位点。结果表明,DTMUV E蛋白的分子式为C2405H3757N649O723S32,由501个氨基酸组成,理论等电点为7.63。该蛋白是定位于病毒衣壳中有2个跨膜螺旋区的稳定性、亲水性蛋白。分别由41.52%、19.96%、32.34%、6.19%的氨基酸参与E蛋白的无规律卷曲、α-螺旋、延伸链和β-转角的形成。三级结构预测模型蛋白覆盖率为100%。该蛋白含有18个潜在的糖基化修饰位点,52个潜在的磷酸化修饰位点,20个潜在的抗原决定簇,其中含有4个连续氨基酸数量超过10个的B细胞抗原表位。选取HLA_DRB1_0801亚型时,CD4+抗原表位有15个强结合肽,43个弱结合肽。对DTMUV E蛋白序列分析显示该蛋白是一种没有信号肽,有跨膜区,具有良好免疫原性的亲水性蛋白,该结果为对E蛋白功能的进一步研究奠定了理论基础。