猪流行性腹泻病毒上海株PEDV/CHSH/2019的分离鉴定及遗传分析

摘要

为了解2019年上海地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行毒株的基因特征及其致病性,本研究将该地区猪的PEDV阳性样品接种Vero E6细胞连续盲传,成功分离了PEDV/CHSH/2019毒株。基于RT-PCR及第二代测序技术完成了该毒株的全基因组测序,利用GenBank中公布的PEDV毒株序列对其进行全基因序列同源性比对及遗传进化树分析。结果显示:PEDV/CHSH/2019与我国近年来流行毒株序列一致性为97.71%~99.96%,明显高于LZC、CV777、DR13、SM98、SD-M等早期经典毒株,属于重组毒株G2-b亚群;基于S蛋白区域的变异分析发现,与经典CV777毒株相比,第58~61、139位发生了氨基酸的插入,第161和162位发生了氨基酸的缺失,而与近年来强毒株S蛋白的氨基酸序列较为一致。本研究结果将为掌握上海地区PEDV最新流行毒株的基因组特性、进化趋势和完善疫苗防控策略提供理论依据。