DHPLC和PCR-SSCP两种方法筛查基因变异的比较

摘要

SNP(Single nucleotide polymorphism)被认为是揭示遗传变异最理想的遗传标记,广泛应用于疾病相关的基因筛查、动植物经济性状遗传标记、群体遗传进化等.目前,筛查SNP的方法很多,文章旨在比较DHPLC(Denaturing high performance liquid chromatography)和PCR-SSCP(Polymerase chain reaction-single stranded conformational polymorphism)两种方法在筛查同一基因片段变异的效果,为筛查基因突变的方法提供选择依据.以绵羊孕酮受体基因(PGR)第4外显子为突变筛查对象,以DHPLC和PCR-SSCP两种方法筛查基因变异,以直接测序作为标准,对比分析两种方法在检出率、准确率、经济性和自动化程度等方面的优劣.结果表明:在对391份藏绵羊血液样品的PGR基因进行分析后,SSCP法检出率100％,而DHPLC法检出率仅83.63％;DHPLC法准确率97.25％,高于SSCP法的94.37％;同时操作性和自动化方面DHPLC法要优于SSCP法,但其检测成本比SSCP法高20倍左右;SSCP法应用的广泛性比DHPLC高许多,其中在畜牧和动物医学这两门学科中应用最多,而DHPLC法在人类医学研究中的应用较多.结论:DHPLC法适合运用于基因突变率低和已完全测出基因序列的物种,具有准确率高、操作简单和自动化程度高等优点;SSCP法对基因序列是否已知及突变率高低无要求,具有检出率高、成本低等优点,此法在动物育种领域中应用更为广泛.