猪基质Gla蛋白基因序列多态及生物信息学分析

摘要

选择具有明显品种差异的3个猪品种(可乐猪、白香猪和大约克)构建品种DNA池,采用PCR产物直接测序法研究公猪MGP基因5’侧翼调控区、外显子1共1 112 bp范围内可能与精液品质相关的序列多态性,快速筛查到两个SNPs(C-849T、C-895T).进一步利用生物信息学分析MGP基因5’侧翼调控序列.预测出评分为95分以上的转录因子结合位点有31个,发现了CpG岛.C-849T和C-895T的变异则使白香猪比可乐猪和大约克多出了两个HSF可能的结合位点(85.9分).1个TATA可能的结合住点(91.4分),1个cdxA可能的结合位点(92.9分).研究结果为进一步研究MGP转录效率以及对猪精液品质的影响奠定基础.