基于16S rRNA测序分析两种呼肠孤病毒对小鼠肠道菌群的影响

摘要

目的探究T1L和NBV两种呼肠孤病毒对小鼠肠道菌群结构的影响。方法将25只小鼠随机分为5组(对照组、NBV滴鼻组、NBV灌胃组、T1L滴鼻组、T1L灌胃组),每组5只。对照组用PBS灌胃,其余组别均用2×10^(7) PFU/mL病毒滴度感染小鼠。7 d后采集小鼠粪便,从每组5个样本中选出粪便重量较重的3个样本,对粪便DNA进行V3+V4可变区特异性扩增,运用16S rRNA测序分析小鼠粪便中菌群的丰度、多样性及物种组成结构。结果T1L和NBV灌毒后的小鼠肠道菌群丰度和多样性与对照组相比有所下降,且T1L滴鼻组下降最为显著(P<0.05);与NBV灌胃组相比,NBV滴鼻组的菌群丰度和多样性增加显著(P<0.05)。在门的级别上,T1L和NBV灌胃组中厚壁菌(Firmicutes)丰度明显减少,T1L和NBV滴鼻组中拟杆菌(Bacteroidetes)丰度明显减少;在属的级别上,T1L滴鼻组、T1L灌胃组和NBV灌胃组中罗姆布茨菌(Romboutsia)丰度明显减少,T1L滴鼻组中别样杆菌(Alistipes)丰度明显增加(P<0.05)。结论T1L和NBV感染小鼠会降低菌群的丰度和多样性,可能通过有益菌减少或致病菌增多来破坏菌群平衡。此外,病毒的感染方式不同,对菌群的影响也有所不同。