大豆吡哆醇生物合成蛋白基因(PDX)的电子克隆和进化分析

摘要

电子克隆(In silico cloning)是随着基因组计划和EST计划实施而发展起来的利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法.根据物种间同源基因相对保守的特点,以拟南芥(Arabidopsis thaliana)吡哆醇生物合成蛋白cDNA序列为信息探针,对大豆(Glycine max)EST数据库进行同源搜索和序列拼接,获得了1 280 bp长的大豆吡哆醇生物合成蛋白的基因序列(GenBank登陆号为DQ139265).经过RT-PCR扩增、基因组PCR扩增、分子克隆和序列分析验证,结果表明与电子克隆序列完全一致.该基因具有完整的开放阅读框架(ORF,20～955 bp),编码311个氨基酸.通过与水稻、日本百脉根、烟草、截形苜蓿等物种的吡哆醇生物合成蛋白序列比对,发现该基因具有高度的保守性.表明根据物种间同源基因序列,对跨物种间EST数据库进行同源检索、筛选、拼接,是克隆基因的有效途径.