口蹄疫病毒株AF/72结构蛋白VP1克隆及其T细胞表位预测

摘要

以 AF/72 RNA 为模板,反转录并扩增目的cDNA,然后与pGEM-T easy 体连接并转化JM109菌株,提取的重组质粒用凝胶电泳、PCR 和EcoR I 酶切法鉴定.应用BIMAS生物学软件对AF/72株结构蛋白VP1的H-2Dd、H-2Kd、 H-2Ld、 A20限制性T细胞表位进行预测,并对不同限制性的T细胞表位进行对比.结果表明,口蹄疫AF/72株结构蛋白VP1长639 bp,编码213个氨基酸.不同限制性的T细胞表位虽然不尽相同,但与已鉴定的T细胞表位相比较,它们之间也有一些类似的、并且可能是通用型的T细胞表位.本试验通过生物信息学方法预测AF/72结构蛋白VP1的T细胞表位,为进一步试验确定T细胞表位和口蹄疫病毒T细胞表位的研究提供了一种有效的方法.同时为口蹄疫病毒表位疫苗的设计提供有效地理论基础.