Etude structurale du ribozyme antigenomique delta (French text).

摘要

Le virus de l'hépatite delta (VHD) est un virus satellite du virus de l'hépatite B (VHB). Chez les humains, la co-infection de VHD avec VHB, ou la super-infection des individus porteurs de VHB, augmente la sévérité de la maladie. Le VHD possède un génome ARN circulaire simple brin d'environ 1700 nucléotides dont la structure secondaire nest probablement pas branchée puisque le génome possède une haute autocomplémentarité. La progéniture du virus est assurée par le mécanisme de la réplication en double cercle roulant. La réplication engendre des multimères linéaires génomiques et antigénomiques qui sont maturés par la suite en monomères par les séquences autocatalytiques respectives (génomiques et antigénomiques). Nous avons effectué plusieurs alignements: les séquences complètes, les séquences autocatalytiques des deux polarités ainsi que les séquences contenant les promoteurs potentiels. Cette opération a été effectuée principalement duns le but d'obtenir de l'information supplémentaire (ex: covariation) sur l'organisation structurale des motifs autocatalytiques. Cependant, dû au très haut degré de conservation des nucléotides au niveau des séquences catalytiques, nous n'avons pas été en mesure de faire ressortir des données significatives nous permettant d'établir de nouvelles contraintes structurales. Nous avons développé un site Web permettant la consultation en ligne de notre compilation et de nos alignements. Cet outil de travail est aujourd'hui consulté sur une base quasi-quotidienne par une multitude de laboratoires répandus à travers la planète (sondage effectué à l'aide de www.superstats.com).; L'aspect thermodynamique est au coeur même de (a compréhension du mécanisme moléculaire du ribozyme delta. Plusieurs méthodes doivent être utilisées en parallèle afin de déchiffrer le plus justement possible le mécanisme catalytique employé par le ribozyme delta. Finalement, la caractérisation des interactions métallo-nucléiques au sein du ribozyme delta a été effectuée. Nous aeons identifié avec précision certaines régions du ribozyme qui interagissent avec le magnésium. Le site de liaision ionique déterminé est modulé par la présence du substrat ou d'un produit de coupure. De plus, un ribozyme inactivé par une mutation ponctuelle ne peut former le site de liaison ionique. Ensemble, ces résultats nous ont permis d'en apprendre un peu plus sur la conformation tertiaire du ribozyme delta ainsi que sur son mécanisme catalytique. (Abstract shortened by UMI.)