建立基于富集指数的蛋白质组学数据分析方法研究分泌蛋白质组—小鼠树突状肉瘤细胞分泌蛋白质组;正常人尿蛋白质组动态变化过程中稳定表达蛋白质组作为潜在的生物标志物资源

摘要

细胞产生的分泌蛋白是一类功能上非常重要的蛋白。真正的分泌蛋白样品是很难得到，它经常被细胞内蛋白质或环境中的蛋白质所污染。 我们建立了一种依靠蛋白质组学数据分析判断分泌蛋白质样品是否合格及分辨真正的分泌蛋白质的方法。阳性鉴定的谱图数用于蛋白质半定量。分别对分泌蛋白质样品和胞内可溶性蛋白质样品进行质谱分析，选择高丰度的分泌蛋白质作为标志蛋白，求它们在两个样品中谱图数的百分比，计算样品富集指数(theenrichmentindexofsample，EIS)，以此评价分泌蛋白质样品的质量。用合格谱图数的百分比计算每个蛋白质在两个样品中的权重，定义分泌蛋白富集指数(theenrichmentindexforprotein，EIP)为：在两种样品中相应蛋白的权重比值。用EIP值鉴定分泌蛋白质，同时参考信号肽预测和swiss-prot解释。 新方法能够鉴定“非经典分泌途径”产生的分泌蛋白，也可以排除来源于死细胞的带有信号肽的污染蛋白。谱图数计量方法的优点在于对设备测试要求不高、没有同位素污染和使用方便。 对于无血清条件培养基中体外培养的小鼠树突状肉瘤细胞(dendriticcellsarcoma，DCS)，采用SCX-RP-MS/MS策略分析了培养基中的DCS产生的分泌蛋白质组。两个分泌蛋白质样品的EIS分别为75.4和84.65。共得到141个阳性鉴定的蛋白，73个认为是分泌蛋白质。33个蛋白质是信号肽预测和swiss-prot解释均为阳性的，10个蛋白质是信号肽预测阳性或swiss-prot解释阳性的，30个蛋白质是信号肽预测和swiss-prot解释均为阴性的，还有待于进一步验证。 对于新发现的30个潜在的、swiss-prot解释和信号肽预测都是阴性的蛋白质，我们用“非经典途径”分泌蛋白质的预测服务器(SecretomePserver和ProPserver)进行了分析，其中分别有12个蛋白质(占40％)和15个蛋白质(占50％)的蛋白质是阳性鉴定，其中有5个蛋白质是两种方法都被鉴定的。我们还和其他细胞产生的exosome的结果进行了比较，有11个蛋白质在exosome中存在。相比小鼠树突状细胞DC1系产生的exosome的结果，有6个蛋白质是相同的。这些数据证明，这30个蛋白质也很有可能是DCS细胞产生的分泌蛋白质。

目录

序言

第一部分建立基于富集指数的蛋白质组学数据分析方法研究分泌蛋白质组-小鼠树突状肉瘤细胞分泌蛋白质组

摘要

前言

材料与方法

富集指数方法研究分泌蛋白质的原理图

实验路线

结果与讨论

结论

参考文献

附表

第二部分正常人尿蛋白质组动态变化过程中稳定表达蛋白质组作为潜在的生物标志物资源

摘要

前言

材料与方法

结果与讨论

结论

参考文献

附表

第三部分文献综述 化学交联技术在蛋白质相互作用研究中的应用

摘要

一、化学交联反应和化学交联剂

二、化学交联技术研究蛋白质相互作用的策略

三、化学交联技术研究的应用

四、影响化学交联技术应用的因素

五、甲醛是一种良好的化学交联剂

参考文献

在读期间待(已)发表文章

致谢