中医药干预常规治疗失败晚期结直肠癌队列研究及预后基因差异分析

摘要

本文从以下几个方面进行论述：　　研究一 中医药干预406例常规治疗失败晚期结直肠癌前瞻性队列研究　　目的：　　1.通过前瞻性队列研究对常规治疗失败晚期结直肠癌中医药治疗的临床疗效进行评价,对中医药在晚期结直肠癌治疗的作用和地位进行验证与论述。　　2.对中医药治疗获益的优势人群临床特征进行归纳,对影响生存的预后因素进行分析。　　方法：　　本试验采用前瞻性、多中心、队列研究方法,在9家大型中医及西医诊疗中心同时展开,纳入常规治疗失败的晚期结直肠癌患者,入组时按患者治疗意愿将其分为中医组、中西医结合组和西医组3组队列。每3个月为1周期,将从患者入组开始随访直至患者死亡或研究终止。主要评价指标为患者总生存期(OS),次要疗效评价指标为无进展生存期(PFS)。　　结果：　　1.一般资料　　本次数据分析截止时间为2019年11月30日,共纳入分析406例患者,经统计最终形成队列为西医组139人,中西医结合组155人,中医组112人。中位随访时间:西医组19.67个月,中西医结合组20.47个月,中医组20.4个月。中西医结合组中位中药暴露时间为6.43个月,最长暴露时间为29.73个月。中医组中位中药暴露时间为3.73个月,最长暴露时间为33个月。在人口信息、及肿瘤基本情况三组基本均衡。　　2.生存分析　　2.1总体中位生存期分析　　总体中位生存期(mOS,median Overall Survival),西医组的mOS为11.37个月,中西医结合组的mOS为14.03个月,中医组的mOS为6.33个月(P＜0.001)中西医结合组vs西医组降低死亡风险约为26％(HR=0.74,95％CI0.55-0.98,P=0.038)。中西医结合vs中医组,死亡风险降低约为49％(HR=0.51,95％CI0.38-0.69,P＜0.001)。西医组vs中医组,降低死亡风险约47％(HR=1.47,95％CI1.09-1.99,P=0.012)。　　2.2总体无进展生存期分析　　通过对总体无进展生存期(PFS,progression-free survival)进行分析发现,西医组的PFS为5.37个月,中西医结合组的PFS为5.8个月,中医组的PFS为5.03个月(P＞0.05),死亡风险的两两比较各组间也均未见明显统计学差异(P＞0.05)。　　2.3中西医结合组与西医组亚组生存分析　　中西医结合组较西医组在女性、KPS评分≥80分、转移器官≥2处、KRAS突变、既往抗肿瘤治疗≥3线组显著延长OS(P＜0.05)并降低死亡风险(P＜0.05)。　　结论：　　1.三种治疗方式对于常规治疗失败晚期结直肠癌的PFS改善无显著性差异。　　2.三组在人口学信息、肿瘤原发部位、病理类型、分化程度等方面三组均基本一致的前提下,中西医结合治疗较西医治疗及中医治疗显著延长患者总体中位OS,并改善患者的生活质量。　　3.亚组分析中对于临床中疾病进程长、经过较多线治疗效果不佳、瘤体负荷重,基因状态预后不佳这些治疗难点的晚期结直肠癌患者,中西医结合治疗较单纯西医治疗仍然取得了较好的临床获益。　　4.单纯的中医治疗面对肿瘤负荷重、既往抗肿瘤治疗不规范的晚期患者在多个强烈预后不良的因素方面难以比肩话医治疗。化疗无法耐受的患者应该选择中西医结合的治疗方法,减毒增效,才能使生存预后最大的获益。　　5.总体预后因素中右半结肠、KPS评分＜80分、既往未进行靶向治疗为预后独立危险因素,中医药暴露量、西医抗肿瘤治疗为预后独立保护因素,中西医结合治疗为亚组独立保护因素。　　研究二 83例中医药干预常规治疗失败晚期结直肠癌ctDNA状态与预后相关性探索　　目的：　　通过对中医药干预常规治疗失败晚期结直肠癌患者的ctDNA检测,对其突变基因状态及与预后相关性进行探索。　　方法：　　纳入中医药干预连续3个月以上的常规治疗失败晚期结直肠癌患者,抽取外周血10ml。由临床检测中心提供的方案,进行外周血ctDNA肿瘤相关突变基因检测,定制的NGS检测面板覆盖416个肿瘤相关基因。　　结果：　　1.一般资料　　共纳入了来自4家中心共83例患者,其中年龄≥65岁者29人(34.94％),＜65岁有54人(65.05％,男性48人(57.83％),女性35人(42.17％)。中医组37例,中西医结合组46例。　　2.外周血细胞肿瘤基因突变情况　　在83例患者中,有54例(65.06％)血浆中检测出肿瘤相关突变基因,共152个基因419个突变位点,有29例(34.94％)未检测出肿瘤相关突变,根据突变频率筛选出TOP20的基因为APC、TP53、KRAS、PIK3CA、FBXW7、SMAD4、LRP1B、PTPN13、EGFR、CTNNB1、ROS1、PKHD1、EPHA3、SMARCA4、FAT1、HDAC9、PREX2、NOTCH1、SMAD3、SF3B1。另外有6例患者存在胚系基因突变,分别为APC(46.49％)、RAD5]C(42.93％)、PDE11A、ABCB1、TTF1,其中APC、RAD51C为已知的致病性基因。　　3.突变基因的生物信息学分析　　突变基因蛋白质互作的功能集中在蛋白质自磷酸化、FLT3信号、白细胞介素信号、肽基酪氨酸磷酸化、肽基酪氨酸修饰、DNA完整性检查点、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药通路、细胞对有毒物质的反应以及蛋白激酶B信号转导通路生物过程及通路上。　　结论：　　1.酪氨酸激酶、丝氨酸/苏氨酸激酶等蛋白酶相关生物途径及通路可能与晚期结直肠癌常规治疗失败的不良预后相关机制关联,需要后期进行相关机制研究加以验证。　　2.中医药治疗常规治疗失败后晚期结直癌患者ctDNA突变频率、TMB、KRAS、PIK3CA基因与预后相关,肝转移与基因不良突变相关。　　3.中医药健脾补肾治疗对降低ctDNA突变频率、减少抑癌基因突变存在相关性;八纲辨证为阴证的患者TMB负荷较低,可能难以从免疫治疗中获益。　　研究三 常规治疗失败晚期结直肠癌疗效差异表达基因的生信分析　　目的：　　对常规治疗失败晚期结直肠癌疗效差异机制进行研究,探索可能的对预后有影响的分子靶标及相关的通路,将对其临床治疗提供可能的新思路、新角度。　　方法：　　本研究筛选常规治疗失败的晚期结直肠癌对比常规治疗病灶完全缓解的疗效差异基因,GO(Gene Ontology基因本体论)分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因和基因组百科全书)分析是在筛选的差异基因上进行,功能集富集分析(Gene Set Enrichment AnalysiS,GSEA)是利用样本所有基因更全面的分析基因的功能及生物过程,利用蛋白质一蛋白质相互作用(Protein-protein Interacti OFI,PPI)网络筛选出关键的Hub基因。　　结果：　　1.一般资料　　检索GEO公共基因数据库(Gene Expression Omnibus,GEO),获得GSE72970数据集,其中包含12个常规治疗失败的晚期结直肠癌样本,和7个常规治疗完全缓解的晚期结直肠癌样本的基因数据。　　2.常规治疗失败晚期结直肠癌的疗效DEGs　　利用GE02R平台在线工具筛选GSE72970数据集中常规治疗失败晚期结直肠癌对比完全缓解的DEGs。筛选结果:常规治疗失败CRC对比完全缓解基因样本共获得323个DEGs,其中上调的有97个,下调的有226个。　　3.疗效DEGs的GO分析和KEGG分析　　对常规治疗失败mCRC对比完全缓解的mCRC的DEGs进行G0分析与KEGG分析。　　3.1GO分析结果:　　DEGs富集到的Top6的细胞学组件(Cellular component CC)有:内质网、突触前活动区、染色质可及性复合体、Epsiion DNA聚合酶复合物、RNA聚合酶I转录因子复合物、染色质周围纤维。DEGs富集到的Top6的分子功能(Molecular function MF)有:蛋白酶抑制剂活性、分子功能未知、硫转移酶活性、半乳糖基转移酶活性、抗原结合、蛋白丝氨酸/苏氨酸磷酸酶活性。DEGs富集到的Top6生物学过程(Biologi cal process BP)有:新陈代谢、能量途径、未知的生物过程、细胞凋亡、细胞周期调控、神经递质转运。　　3.2KEGG分析结果:　　DEGs显著富集到的Top6生物途径有:有丝分裂前中期、鸟苷核苷酸从头生物合成、M相、着丝粒处新的含CENPA核小体的沉积、核小体组装、有丝分裂M-M/G1期。　　结论：　　1.富集到的蛋白酶作用包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(PffB/AKT)、酪氨酸激酶在内的相关通路,细胞凋亡自噬、细胞周期调控、蛋白转录修饰、靶基因PIK3CA、TP53,P53路径激活等生物过程与第二部分外周血ctDNA突变基因富集通路与生物过程相吻合,常规治疗失败难治性结直肠癌的相关通路机制探索得到初步验证。　　2.CLCA1、TRIP13的表达量与晚期结直肠癌预后相关,今后可能为潜在的预后生物标志物。

目录

声明

摘要

英文缩略词

第一部分文献综述

综述一 常规治疗失败后晚期结直肠癌的选择与前景

1．化疗进展

2．靶向治疗

3．免疫治疗

4．其他免疫治疗方法

综述二 中医药治疗晚期结直肠癌的临床研究现状

1．研究目的

2．研究方法

3．结果

4．讨论

小结

前言

参考文献

第二部分中医药干预406例常规治疗失败晚期结直肠癌前瞻性队列研究

1．资料及方法

1．1一般资料

1．2方法

2．结果

2．1一般资料

2．2生存分析

2．3Cox多因素回归分析

2．4生活质量评价

3．讨论

3．1生存分析

3．2Cox回归分析预后因素探讨

3．3生活质量改善分析

3．4中医药治疗晚期结直肠癌的优势与思考

3．5脾肾两虚证型、瘀毒内阻证型预后的探讨

第三部分83例中医药干预常规治疗失败晚期结直肠癌ctDNA状态与预后相关性探索

1．资料及方法

1．1研究对象

1．2方法

2．结果

2．1一般资料

2．2外周血细胞肿瘤基因突变情况

2．3突变基因的生物信息学分析

2．4ctDNA突变基因与预后相关性分析

2．5基因突变与临床因素的关系

3．讨论

3．1中医药干预常规治疗失败后晚期结直肠癌常见突变基因

3．2突变基因蛋白作用生物过程及通路分析

3．3ctDNA突变频率与预后的关系

3．4肿瘤突变负荷(TMB)与预后的关系

3．5ctDNA突变基因的分布特征及与预后的关系

3．6基于中医理论探讨证型、八纲辨证与ctDNA的关系

4．结论

第四部分常规治疗失败晚期直肠癌疗效差异表达基因的生信分析

1．材料和方法

1．1微矩阵数据的获取

1．2差异基因(DEGs)的筛选

1．5PPI(Protein-protein Interaction)网络的构建和Hub基因的筛选

1．6Hub基因生存分析

2．结果

2．1常规治疗失败晚期结直肠癌的疗效DEGs

2．2 DEGs的GO分析和KEGG分析

2．3GSEA分析

2．4PPI网络的构建及Hub基因筛选

2．5生存分析结果

3．讨论

3．1基因富集分析

3．2PPI网络的构建、Hub基因的筛选及其临床意义

4．结论

参考文献

结语

附表

致谢

个人简历