种子植物ITS2假基因与功能基因进化差异揭示碱基补偿替换规律

目录

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摘要

第一章前言

(一)ITS2序列及其分子系统学应用现状

1、ITS2序列位置及其在核糖体合成中的功能

2、ITS2核酸序列进化特征及其在系统发育和物种鉴定中的应用价值

(二)ITS2二级结构特征及其补偿性碱基蕾换

1、假基因的发现与定义

2、假基因的鉴定特征

3、假基因的进化特性及其应用

(四)研究目的与意义

第二章材料与方法

(一)ITS2序列获取

(二)ITS2序列分析

1、ITS2序列的获取

2、二级结构的预测

3、碱基组成信息的计算

4、二级结构的字符转化以及CBC个数的统计

5、最优进化模型选择与碱基对频率与替换速率矩阵的获取

6、数据整理与分析

第三章结果与分析

(一)功能基因与假基因的序列及碱基组成特点

(二)ITS2功能基因与假基因共有二级结构比较

(三)ITS2功能基因与假基因共有二级结构的碱基组成和变异

(四)功能基因与假基因中CBC位点的数目

(五)最优进化模型与碱基警换速率

第四章讨论

(一)ITS2假基因的特点

(二)功能基因与假基因的CBC位点数目差异

(三)功能序列和假基因在配对区碱基对进化模式上的差异

(四)假基因的中性进化及进化约束

(五)4SALE方法与LoeARNA方法计算结果的差异比较

第五章总结与展望

(一)研究结论

(二)展望

参考文献

附录

致谢

攻读硕士期间发表的学术成果