乌苏里貉(Nyctereutes procyonoides)黑色素沉积及毛色基因筛选的研究

目录

声明

摘要

1研究背景

1．1乌苏里貉简介

1．2乌苏里貉饲养现状

1．3动物毛色的形成

1．4毛色基因的研究进展

1．4．2MC1R基因和Agouti基因

1．4．3MITF基因

1．4．4酪氨酸酶家族基因

1．5转录组测序

1．5．1转录组测序原理

1．5．2转录组测序分析方法

1．6研究目的和方法

2材料与方法

2．1试验动物及饲养

2．2主要仪器与试剂

2．3黑色素定量及酪氨酸酶活性测定

2．3．1样品采集

2．3．2被毛显微观察

2．3．3黑色素含量测定

2．3．4酪氨酸酶活性测定

2．3．5统计分析

2．4乌苏里貉皮肤转录组分析

2．4．1样品采集

2．4．2总RNA提取

2．4．3从头组装和基因注释

2．4．4编码蛋白框预测

2．4．5微卫星分布

2．4．6单核苷酸多态性分析

2．4．7差异表达基因的筛选

2．4．8差异基因的GO和KEGG富集分析

2．4．9qRT-PCR验证

2．5乌苏里貉KIT基因生物信息学分析

2．5．5KIT蛋白二级结构及定位分析

2．5．6KIT蛋白三级结构及蛋白互作分析

2．5．7不同物种KIT蛋白序列进化分析

3结果与分析

3．1黑色素定量和酪氨酸酶活性测定结果

3．1．1显微观察

3．1．2黑色素含量测定

3．1．3酪氨酸酶活性测定

3．2转录组测序结果

3．2．1测序组装

3．2．2 Unigene的功能注释

3．2．3编码蛋白框预测

3．2．4微卫星分布

3．2．5单核苷酸多态性分析

3．2．6转录本表达水平分析

3．2．7差异表达基因的筛选

3．2．8野生貉和黑貉差异表达基因GO分析

3．2．9野生貉和红棕貉差异表达基因GO分析

3．2．10白貉和红棕貉差异表达基因GO分析

3．2．11野生貉和黑貉差异表达基因KEGG分析

3．2．12野生貉和红棕貉差异表达基因KEGG分析

3．2．13白貉和红棕貉差异表达基因KEGG分析

3．2．14转录本定量的验证

3．3乌苏里貉KIT基因的生信分析

3．3．3乌苏里貉KIT蛋白的一级结构特性

3．3．4乌苏里貉KIT蛋白二级结构分析

3．3．6乌苏里貉KIT蛋白同源建模

3．3．7KIT蛋白互作网络

3．3．8系统发育树构建

4讨论

4．1黑色素分布及酪氨酸酶活性

4．2乌苏里貉皮肤转录组测序

4．3乌苏里貉KIT生信分析

4．3．2乌苏里貉KIT蛋白结构

4．3．3KIT基因及蛋白序列比较

5结论

致谢

参考文献

攻读硕士学位期间发表的学术论文