牛PWS/AS印记区域内5个印记基因及DNA甲基化调控分析

目录

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摘要

英文缩略表

1文献综述

1．1基因组印记概述

1．1．1基因组印记历史回顾

1．1．2基因组印记的表观遗传调控——DNA甲基化

1．1．3印记基因的鉴定及方法

1．1．4基因组印记与发育

1．1．5基因组印记与疾病

1．2印记区域的长非编码RNA

1．2．1概述

1．2．2 LncRNA调控基因组印记的机制

1．3PWS／AS印记区域

1．3．1概述

1．3．2 PWS／AS印记区域的蛋白编码转录物

1．3．3 PWS／AS印记区域的non-coding RNAs

1．4基因组印记与体细胞克隆

1．5牛作为模式生物的优点

1．6研究内容、目的及意义

2试验材料与方法

2．1试验材料

2．1．1试验动物和组织材料的获取

2．1．2主要试验仪器

2．1．3试验试剂

2．1．4试验主要试剂配制方法

2．1．5本研究所用到的主要在线网站和分析软件

2．2试验方法

2．2．1 RNA的提取

2．2．2 cDNA的合成

2．2．3 DNA的提取

2．2．4 PCR产物的凝胶电泳检测、胶回收纯化

2．2．5纯化产物的克隆测序

2．2．6牛IPW基因cDNA序列的克隆

2．2．7牛sno-lncRNAs序列的克隆

2．2．8 MAGEL2的生物信息学分析

2．2．9组织和胎盘中SNP的鉴定

2．2．10牛组织中的等位基因特异性表达分析

2．2．12 NDN、MAGEL2和MKRN3基因的父本母本基因型的鉴定

2．2．13牛组织特异性表达分析

2．2．14牛PWS／AS印记区域3个DMRs区的鉴定和甲基化状态分析

3牛长非编码RNA基因IPW和sno-lncRNAs的研究

3．1．1牛IPW基因的结构

3．1．2牛IPW基因不同的可变剪接体的组织特异性表达

3．1．3牛IPW因为单等位基因表达

3．2牛sno-lncRNAs的结果与分析

3．2．1牛4个sno-lncRNAs的获得

3．2．2牛sno-lncRNAs的组织特异性表达

3．2．3牛sno-lncRNA4的等位基因特异表达分析

3．3讨论

3．3．2 sno-lncRNAs

4牛NDN、MAGEL2和MKRN3基因的表达及印记状态分析

4．1牛NDN基因的结果与分析

4．1．1 NDN基因在牛组织的表达

4．1．2 NDN在牛组织中的等位基因表达分析

4．1．3 NDN基因在牛胎盘中的印记状态分析

4．2牛MAGEL2基因的结果与分析

4．2．1牛MAGEL2基因启动子预测

4．2．2牛MAGEL2基因的生物信息学分析

4．2．3 MAGEL2在成年牛组织中的表达

4．2．4 MAGEL2基因在牛组织中的等位基因特异表达分析

4．2．5 MAGEL2在胎盘中印记状态分析

4．3牛MKRN3基因的结果与分析

4．3．1 MKRN3在组织及胎盘中的表达

4．3．2 MKRN3在牛组织中的等位基因表达分析

4．3．3 MKRN3在牛胎盘中的印记状态分析

4．4讨论

4．4．1牛NDN基因

4．4．2牛MAGEL2基因

4．4．3牛MKRN3基因

5牛PWS／AS印记区域的DNA甲基化调控机制

5．1．2 PWS-IC DMR在牛组织中的甲基化分析

5．1．3 PWS-IC DMR在配子中的的甲基化分析

5．2 NDN DMR在牛PWS／AS印记区域的甲基化结果与分析

5．2．1 NDN DMR中的CpG岛预测结果

5．2．2 NDN DMR在牛组织中的甲基化分析

5．2．3 NDN DMR在配子中的的甲基化分析

5．3MKRN3 DMR在牛PWS／AS印记区域的甲基化结果与分析

5．3．1 MKRN3 DMR中的CpG岛预测结果

5．3．2 MKRN3 DMR在牛组织中的甲基化分析

5．3．3 MKRN3 DMR在配子中的甲基化分析

5．4讨论

6结论

参考文献

附录

作者简介

致谢