嘉兴黑猪繁殖性状相关基因ESR、FSHβ、PRLR多态性及其关联分析研究

摘要

猪繁殖性状被公认为是低遗传力的数量性状和经济性状，中国地方猪种在这一性状表现比较优良。在猪遗传育种过程中，传统杂交育种和分子标记辅助选择育种相结合（marker-assisted selection，MAS）成为现代选种、保种技术的新方向。本研究中以嘉兴黑猪为研究对象，选取雌激素受体(Estrogen Receptor，ESR)基因、卵泡刺激素β亚基(Follicle-Stimulating Hormoneβ，FSHβ)基因、催乳素受体(Prolactin Receptor，PRLR)基因为候选基因，采取513份嘉兴黑猪耳组织为试验材料，抽提其基因组DNA，以候选基因的外显子区域设计引物，PCR扩增得到目的序列，目的片段采用PCR-SSCP方法和直接测序方法检测SNPs，统计分析各基因的等位基因频率和基因型频率、Hardy-Weinberg平衡情况以及其与繁殖性状关联分析结果，为建立嘉兴黑猪的分子标记辅助育种模型奠定基础。　　ESR基因第一外显子区域扩增目的片段，测序后分析得到4个 SNPs：T6901C、G6759A、T6927G、A7188G。测序峰图表明每个SNP处都出现三种基因型，分别命名为 AA、AB、BB、NN、NM、MM、EE、EF、FF、JJ、HJ和HH。统计分析了这些位点的基因型频率和基因频率，卡方检验表明，T6901C、A7188G两个基因座均处于Hardy-Weinberg平衡状态，G6759A、T6927G显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态。选取嘉兴黑猪产仔数、活仔数、死胎数、胎间距、初生均重5个繁殖相关性状与多态性位点T6901C、A7188G的六种基因型分别进行性状关联分析结果表明，T6901C位点与性状关联分析三个基因型之间无显著性差异；而A7188G位点中HH基因型个体产仔数与活仔数均显著高于JJ基因型个体(P＜0.05)，死胎数性状HH基因型显著高于JJ基因型(P<0.05)，初生重性状HH性状显著高于JJ基因型(P<0.05)，在其他性状，各基因型之间无显著性差异。　　FSHβ基因的外显子2上扩增的目的片段测序分析获得到3个 SNPs：T1035C、A922C、A925G。每个SNP位点都出现三种基因型，分别命名为KK、KL、LL、QQ、QR、RR、UU、UV、VV。统计分析了这些位点的基因频率和基因型频率，卡方检验表明，A922C位点显著偏离 Hardy-Weinberg平衡状态，T1035C、A925G位点符合 Hardy-Weinberg平衡状态。T1035C、A925G位点各基因型与嘉兴黑猪群体5个繁殖性状关联分析，结果显示T1035C位点各基因型之间无显著性差异，G925A位点分析发现，UU基因型与VV基因型个体的初生重显著高于UV基因型(P<0.05)。　　PRLR基因第5外显子区域发现1个SNPs：A13902T，PCR-SSCP检测显示存在三种基因型：XX、XY和YY。统计分析了这些位点的基因频率和基因型频率，卡方检验表明，此位点符合Hardy-Weinberg平衡状态；与5个繁殖性状关联分析结果显示，产仔数性状、活仔数性状、初生重性状在A13902T位点的基因型之间差异显著(P<0.01)XX>XY>YY,与其他性状各基因型之间则无显著性差异。　　A7188G位点与 A13902T两个位点合并基因型效应对于五个繁殖性状关联分析发现，合并基因型中，产仔数性状 HHXX基因型比 JJXX基因型每胎多产2.03头（P<0.05），HJXX基因型比JJXY基因型每胎多产2.12头(P<0.05)，比JJYY基因型每胎多产2.38头（P<0.05）。对于活仔数性状HHXX基因型比JJXX基因型每胎多1.95头（P<0.05），比 JJYY基因型多3.53头（P<0.03），初生重性状HHXX基因型每窝比 JJYY基因型重4.37kg（P<0.05），比 JJXY基因型每窝重3.83kg（P<0.05）。死胎数性状与胎间距性状没有显著影响。

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第一章 文献综述

1.1 猪繁殖性状相关QTL研究现状

1.2分子标记及标记辅助选择

1.3猪繁殖性状相关候选主效基因的研究进展

1.4嘉兴黑猪种质资源特点

1.5嘉兴黑猪分子育种研究意义

第二章 试验材料与方法

2.1 实验材料与仪器

2.2 试验方法

2.3数据统计处理

第三章 试验结果

3.1 猪基因组DNA的提取

3.2猪ESR、FSHβ、PRLR基因的多态检测与繁殖性状关联分析

第四章 讨论

4.1 PCR-SSCP的优化

4.2ESR基因

4.3FSHβ基因

4.4 PRLR基因

4.5 ESR、FSHβ、PRLR基因对嘉兴黑猪繁殖性状的效应

第五章 结论

第六章 展望

参考文献

附录

作者简介

致谢