昆虫多态性微卫星位点挖掘新方法及基因组微卫星特征研究

目录

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第一章 文献综述

1.1 昆虫基因组、转录组大数据

1.2.1 基本概述

1.2.2 微卫星在基因组中的分布

1.2.3 微卫星形成机制

1.2.4 微卫星标记的应用

1.2.5 微卫星研究工具

1.3 微卫星位点的开发方法

1.3.1 经典方法

1.3.2 微卫星富集法

1.3.3 FIASCO法

1.3.4 基于转录组数据的微卫星挖掘

1.3.5 基于基因组数据的微卫星挖掘

1.3.6 近缘物种交叉扩增

1.4 微卫星的功能研究

1.5 本研究的目的及意义

第二章 基于基因组重测序数据的多态性微卫星挖掘软件的开发与验证

2.1 材料与方法

2.1.1 GSSRt（Genomic SSR Mining Tool）软件的开发

2.1.2 GSSRt 软件的验证

2.2.1 GSSRt 的应用

2.2.2 微卫星数据统计

2.2.3 微卫星引物及多态性验证

2.3 讨论

2.4 小结

第三章 几种昆虫基因组多态性微卫星的分布及特征

3.1.1 数据收集

3.1.2 重测序数据预处理

3.1.3 GSSRt 软件应用

3.1.4 昆虫微卫星鉴定

3.1.5 多态性微卫星位点在昆虫基因组中的分布

3.1.6 苹果蠹蛾抗药性品系与敏感品系微卫星差异

3.1.7 苹果蠹蛾编码区微卫星的分析

3.1.8 编码区多态性微卫星位点的染色体定位

3.2 结果

3.2.1 基因组微卫星统计

3.2.2 基因组多态性微卫星位点的统计与分析

3.2.3 微卫星在基因组中的分布

3.2.4 苹果蠹蛾抗性与敏感品系中杂合子的差异

3.2.5 编码区微卫星多态性

3.3 讨论

3.4 小结

第四章 昆虫 CYP 基因家族 5’侧翼区微卫星的特征研究

4.1 材料与方法

4.1.1 数据下载与微卫星识别

4.1.2 CYP基因家族注释

4.1.3 CYP基因家族的系统发育分析

4.1.4 CYP基因家族 5’侧翼区的挖掘

4.1.5 昆虫 CYP基因 5’侧翼区微卫星分析

4.1.6 蚜虫 CYP基因 5’侧翼区共有微卫星的挖掘

4.1.7 CYP同源基因侧翼序列分析

4.1.8 蚜虫直系同源组鉴定

4.1.9 共有微卫星的挖掘

4.2 结果与分析

4.2.1 基因组微卫星统计与 CYP基因家族注释

4.2.2 CYP基因 5’侧翼区微卫星

4.2.3 蚜虫 CYP基因家族共有微卫星

4.2.4 蚜虫直系同源基因组筛选及质量评估

4.2.5 四种蚜虫中共有微卫星挖掘与分析

4.3 讨论

4.4 小结

第五章 基于基因组 SURVEY 测序的微卫星分析及评估

5.1.1 供试蚜虫

5.1.2 禾谷缢管蚜 DNA提取及质量检测

5.1.3 基因组 Survey 测序及数据过滤

5.1.4 K-mer分析

5.1.5 基因组大小和杂合度估计与比较

5.1.6 基因组组装及微卫星挖掘

5.1.7 Survey 数据的微卫星挖掘评估

5.2.1 基因组 Survey 测序

5.2.2 Survey 数据的微卫星挖掘及与基因组微卫星的比较

5.2.3 Survey 数据 gSSR 侧翼序列完整性评估

5.3 讨论

5.4 小结

第六章 基于转录组数据的多态性微卫星位点挖掘新方法的开发及验证

6.1 材料与方法

6.1.1 新软件 PSSRdt 的开发及应用

6.1.2 新方法的全流程

6.1.3 实验验证

6.2.1 转录组拼接及微卫星挖掘

6.2.2 PSSRdt 应用

6.2.3 引物设计及微卫星位点的验证

6.3 讨论

6.4 小结

第七章 基于基因表达谱分析豌豆蚜核心基因的特征、功能及核心基因的微卫星

7.1 材料与方法

7.1.1 数据收集及预处理

7.1.2 特异性表达基因的鉴定

7.1.3 数据分析及基因功能注释

7.1.4 供试蚜虫

7.1.5 豌豆蚜 RNA提取

7.1.6 cDNA 合成

7.1.7 实时定量 PCR（qRT-PCR）

7.1.8 基因表达模式及转录因子

7.1.9 核心基因启动子区微卫星

7.1.10 随机森林算法鉴定蚜型偏好标记

7.2 结果与分析

7.2.1 转录组数据下载及组装

7.2.2 基因表达水平验证

7.2.3 基因表达模式和转录因子预测

7.2.4 启动子区微卫星分析

7.2.5 基因共表达网络和基于形态的标记

7.3 讨论

7.4 小结

第八章 全文总结与研究展望

8.1 全文主要结论

8.2 本论文的创新点

8.3 下一步工作展望

参考文献

附 录

致 谢

个人简历