基于全基因组重测序的蓖麻(Ricinus communis)群体遗传分析

目录

声明

主要符号对照表

第一章 绪论

1.1 蓖麻简介

1.1.1 蓖麻植物学简介及其应用价值与需求现状

1.1.2 蓖麻起源理论

1.1.3 蓖麻传统分类

1.1.4 蓖麻种质资源

1.2 蓖麻分子标记及基因组研究进展

1.2.1 大戟科被测序植物

1.2.2 蓖麻基因组研究进展

1.2.3 蓖麻群体研究进展

1.3蓖麻其它组学研究进展

1.3.1蓖麻转录组研究进展

1.3.3 蓖麻表观组学研究进展

1.3.3 蓖麻蛋白质组学研究进展

1.4蓖麻重要性状相关基因研究进展

1.5蓖麻油酸合成研究进展

1.6 植物重测序研究进展

1.6.1 群体遗传开端与测序技术发展

1.6.2 近年来植物重测序研究

第二章 项目设计与数据获取

2.1 蓖麻重测序及群体分析设计

2.2 蓖麻重测序项目数据获取

2.3数据质量控制

第三章 群体变异检测

3.1 群体变异检测方法

3.1.1 测序数据比对到基因组

3.1.2 BAM文件处理

3.1.3 SNP及InDel检测

3.1.4 SNP注释

3.1.5 群体SNP结果验证

3.1.6 CNV检测

3.2 群体变异检测过程及结果

3.2.1 测序数据比对结果

3.2.2 SNP及InDel检测结果

3.2.3 SNP注释结果

3.2.4 群体SNP验证结果

3.2.5 CNV检测结果

第四章 群体结构分析

4.1 群体结构分析方法

4.1.1 STRUCTURE分析及蓖麻驯化种分群方法

4.1.2 系统发育树构建方法

4.1.3 主成分分析方法

4.1.4 连锁不平衡衰减分析

4.1.5 群体基因组分化及多样性计算

4.2 群体结构分析过程及结果

4.2.1 STRUCTURE分析及蓖麻驯化种分群

4.2.2 国内蓖麻组间表型分化

4.2.3 系统发育树构建

4.2.4 主成分分析

4.2.5 连锁不平衡衰减分析

4.2.6 组间遗传分化指数与组内核酸多样性

4.3 讨论

第五章 驯化与地域差异选择分析

5.1 受选择分析方法

5.1.1 基于SNP的驯化选择分析

5.1.2 基于SNP的地域差异选择分析

5.1.3 基于CNV的组间差异选择分析

5.1.4 基于野生蓖麻基因组的选择分析

5.2 受选择分析过程及结果

5.2.1 基于SNP的驯化选择分析

5.2.2 基于SNP的地域差异选择分析

5.2.3 基于CNV的组间差异选择分析

5.2.4基于野生蓖麻基因组的选择分析

5.3 讨论

第六章 重要受选择基因

6.1 受选择基因分析方法

6.1.1 受选择基因的比对

6.1.2 受选择基因GO富集分析

6.1.3 FAH12基因分析

6.2 受选择基因分析过程及结果

6.2.1 受选择基因的比对

6.2.2 受选择基因GO富集分析

6.2.3 基于野生蓖麻参考基因组的受选择基因分析

6.3 讨论

第七章 全文结论及展望

7.1 全文结论

7.2 研究展望

参考文献

附录A

致 谢

作者简历