Complete mitochondrial DNA sequence of Saccostrea mordax and Saccostrea cucullata from Madagascar:genome organization and phylogeny analysis

摘要

本文以马达加斯加西海岸自然分布的囊牡蛎属2种牡蛎咬齿牡蛎（Saccostrea mordax）和僧帽牡蛎（S.cucullata）为材料，对它们的线粒体全基因组进行了研究，得到如下结果：S.mordax和S.cucullata基因组全长分别为16512bp（KP769562）和16396bp（KP967577），基因组中均包含12个编码蛋白的基因、2个rRNA和23个tRNA，其中S.mordax和S.cucullata的Met、Ser、Leu等3种氨基酸的tRNA存在重复，S.mordax和S.cucullata基因排列顺序基本相同，没有发现显著的基因重排现象；同时，和多数双壳贝类一样，S.mordax和S.cucullata基因组中没有发现ATP8。以线粒体基因组中12个编码蛋白基因的序列信息分析比较了软体动物门21个物种的进化关系，发现在牡蛎科中巨蛎属与牡蛎属有更近的亲缘关系。同时，比较分析了马达加斯加2个采集地的S.cucullata的多态位点，在2个群体间发现了104个多态位点；结合太平洋分布的S.mordax的已公开线粒体基因序列，在印度洋分布的S.mordax与太平洋分布的S.mordax之间发现了1112个多态位点，说明分布于印度洋的S.mordax与分布于太平洋的S.mordax已经发生了显著的分化，该论文的研究工作为分子水平上深入研究Saccostrea属牡蛎的进化提供了重要的基础数据。

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Introduction

Statement of the Research Problem

Objective of the Study

Significance of the Study

Literature review

Chapitre 1. Saccostrea mordax and Saccostrea cucullata analysis

1.1. Materials used during experiments

1.1.1. Location and sampling

1.1.2. Reagent

1.2. Methods

1.2.1. DNA extraction

1.2.2. Genomic DNA detection Gel preparation:

1.2.3. Primer design

1.2.4. PCR reaction

1.2.5. Electrophoresis

1.2.6. Gene assembly and annotation

1.3. Results

1.3.1. Genomic DNA extraction

1.3.2. Sequence composition and organization

1.3.3. Base composition

1.3.4. Protein-coding gene

1.3.5. tRNA

1.3.6. rRNA

Chapitre 2. Phylogenetic and SNP analysis

2.1. Phylogenetic

2.1.1. Phylogenetic analyses method

2.1.2. Phylogenetic result

2.2. Polymorphic site analysis

Conclusion

参考文献

Appendix