ASAP1、SLC11A1等基因在肺结核患者中表达水平检测及ASAP1、SLC11A1基因SNP位点在新疆维吾尔族肺结核患者中多态性分析

摘要

目的:
　　1.研究FAM102A、ACTA2、APOL6、DHRS9、ASAP1、SLC11A1基因在活动性肺结核患者、肺结核密切接触者以及健康对照者中的表达情况，探讨其作为诊断结核病生物标志物的可能性。
　　2.研究探讨SLC11A1基因和ASAP1基因多态性与新疆喀什地区维吾尔族肺结核易感性的相关性。
　　方法:
　　1.从山东济宁市某医院住院的结核病患者中收集活动性肺结核患者30例，结核病患者的家属中选取密切接触者18例，体检科选取健康对照者30例。分别用枸橼酸钠抗凝管取静脉血2ml，并提取全血白细胞总RNA，并进行RNA的逆转录。采用荧光实时定量PCR法，进行FAM102A、ACTA2、APOL6、DHRS9、ASAP1、SLC11A1基因转录水平的检测。统计分析计量资料采用x± s表示，单因素方差分析比较RNA在多组间的差异，P<0.05为差异有统计学意义。
　　2.从新疆喀什某医院收集维吾尔族个体血液样本644例，其中肺结核患者251例，健康对照者393例,分别提取样本DNA，并采用测序的分型方法（Sequence-based typing，SBT)，对SLC11A1基因的3个单核苷酸多态位点（rs17235409 G>A；rs17235416 TGTG/TGTG>--/--；rs3731865 C>G）及ASAP1基因的7个单核苷酸多态位点（rs1017281 G>A；rs10956514 G>A；rs12680942 G>A；rs1469288 G>A；rs17285138 T>A；rs2033059 C>T；rs4733781 C>A）进行检测，统计分析检测的结果，探讨SLC11A1基因及ASAP1基因的多态性与维吾尔族人群肺结核易感性的相关性；比较SLC11A1基因rs17235409 G>A；rs17235416 TGTG/TGTG>--/--基因型在维吾尔族人群与已报道的汉族人群及哈萨克族人群之间基因型频率的差异。
　　结果:
　　1.（1）与健康对照者相比，活动性肺结核患者FAM102、SLC11A1、ASAP1、DHRS9基因的表达量分别是健康对照者的0.23倍、0.38倍、0.52倍和1.84倍，差异有统计学意义（P<0.05），而ACTA2、APOL6基因的表达量在活动性肺结核患者与健康对照者之间差异无统计学意义（P>0.05）。
　　（2）与健康对照者相比，肺结核密切接触者FAM102A、SLC11A1、ASAP1基因的表达量分别是健康对照者的0.45倍、0.64倍和0.63倍，差异有统计学意义（P<0.05）；而DHRS9、ACTA2、APOL6基因的表达量在密切接触者与健康对照者之间差异无统计学意义（P>0.05）。
　　（3）与肺结核密切接触者相比，活动性肺结核患者FAM102A、SLC11A1基因的表达量分别是潜伏结核感染者的0.50倍、0.59倍，统计学分析结果显示差异有统计学意义（P<0.05）。而ASAP1、DHRS9、ACTA2、APOL6基因的表达量在活动性肺结核患者与密切接触者之间差异无统计学意义（P>0.05）。ROC曲线分析FAM102A、DHRS9、SLC11A1、ASAP1基因在活动性肺结核患者和健康对照者中曲线下面积分别为0.831、0.863、0.841、0.848。FAM102A、SLC11A1、ASAP1基因在肺结核密切接触者与健康对照者中曲线下面积分别为0.854、0.813、0.836。
　　2.（1）在本实验的维吾尔族人群样本病例组与健康对照组中SLC11A1基因rs17235409 G>A；rs17235416 TGTG/TGTG>--/--；rs3731865 C>G各基因型频率P>0.05，差异无统计学意义。SLC11A1基因rs17235409在本实验的维吾尔族人群样本与已报道的汉族人群样本中GG、GA、AA基因型频率分别是86.6％、12.9%、0.8%和77.7%、20.4%、1.9%，χ2=9.363，P<0.05差异有统计学意义。SLC11A1基因rs17235416在本实验维吾尔族人群样本和已报道的哈萨克族人群样本中TGTG/TGTG、TGTG/-、--/--基因型频率分别为86.3%、12.7%、0.9%和71.9%、24.5%、3.5%，χ2=35.833，P<0.05，差异有统计学意义。
　　（2）在本实验的维吾尔族人群样本病例组与健康对照组中ASAP1基因多态位点rs12680942 G>A，GG、GA、AA基因型频率分别为18.7%，56.6%，24.7%和20.4%，47.4%，32.7%，当以GG/GA基因型频率为参照，纯合子AA基因型频率在病例组中为24.7%，健康对照组为32.7%，经χ2检验，初始OR值为0.693，95%的可信区间为0.485-0.989，P<0.05，差异有统计学意义。ASAP1基因多态位点rs4733781 C>A，CC、CA、AA基因型频率分别为18.3%，57.0%，24.7%和19.9%，47.7%，32.4%，当以CC/CA基因型频率为参照，纯合子AA基因型频率在病例组中为24.7%，健康对照组为32.4%，经χ2检验，初始OR值为0.684，95%的可信区间为0.479-0.978，P<0.05，差异有统计学意义。分层logistic回归检测显示ASAP1基因多态位点rs12680942 G>A，当以GG/GA基因型频率为参照，纯合子AA基因型频率在年龄小于60及不吸烟的病例组和健康对照组之间P<0.05，差异有统计学意义，调整后的OR值分别为0.764、0.799，95%的可信区间分别为0.587-0.993、0.646-0.988。ASAP1基因多态位点rs4733781 C>A，当以CC/CA基因型频率为参照，纯合子AA基因型频率在年龄小于60及不吸烟的病例组和健康对照组之间P<0.05，差异有统计学意义，调整后的OR值分别为0.759、0.795，95%的可信区间分别为0.584-0.986、0.643-0.983。
　　结论:
　　1.FAM102、SLC11A1、ASAP1、DHRS9基因在不同患者体内有差异性表达，推测其与结核病的发生发展有一定的关系，可能是潜在的区别潜伏结核感染者、活动性肺结核与健康者的生物标志物。
　　2.本实验中维吾尔族人群SLC11A1基因多态性与肺结核易感性不存在相关性。SLC11A1基因多态位rs17235409、rs17235416基因型频率分布在维吾尔族人群与汉族人群之间及维吾尔族人群与哈萨克族人群之间存在明显差异。本实验维吾尔族人群ASAP1基因多态位点rs12680942 G>A，rs4733781 C>A多态性与肺结核易感性存在相关性，多态位rs12680942 G>A AA纯合子基因型，rs4733781 C>A AA纯合子基因型，在年龄小于60岁及不吸烟的样本中，表现为可降低患肺结核的风险。