番茄(亨氏1706)富含亮氨酸重复序列类受体蛋白激酶基因家族生物信息学与表达分析

摘要

富含亮氨酸重复序列类受体蛋白激酶（LRR-RLK）是类受体激酶（RLK）中最大的一个亚家族，它主要对植物生长、发育以及环境胁迫等方面进行调控。
　　在本文中，我们首先利用已知数据库（Phytozome、Smart、Softberry等）进行同源检索和序列分析，得到234个番茄（Solanum lycopersicum，品种为亨氏1706）LRR-RLK基因（以下简称SlL RR-RLK）；随后根据其蛋白全长序列相似性构建了系统发生进化树，将这些基因分为10个亚家族。然后我们利用MEME在线网站，分别分析了番茄各个亚家族基因胞外受体结合域（LRR域）和胞内激酶域（RLK域）的保守基序结构（Motif）的组成和排列的复杂程度，结果表明不同的亚家族呈现不同的特异性，这暗示其功能也具有多样性。由于串联重复在其他物种中是引起基因数目扩增的主要原因，我们分析得到在番茄中仅有12％（29/234）的基因构成串联重复。最后我们利用实时荧光定量 PC R（qRT-PCR）分析了在番茄各个组织器官中特异表达的基因，获得一些在番茄果实发育和软化阶段表达量水平出现差异的基因，包括 solyc02g081070、solyc03g118510、solyc05g007120、solyc09g055570、solyc12g010740、solyc02g091840，结果表明SlLRR-RLK基因家族在果实发育和软化方面也存在着一定的功能，而这方面的研究至今未见报道。
　　本文结合生物信息学和实时荧光定量 PCR技术手段，首次分析和预测了茄科植物番茄（亨氏1706）L RR-RLK基因家族在果实发育和软化方面的主要功能，将为 PlLRR-RLK基因家族对果肉型植物的不同果实发育阶段的功能研究提供重要的理论依据。

目录

声明

第一章 文献综述

1.1 PlRLK的结构、分类与功能

1.2 PlLRR-RLK结构与功能

1. 3 国内外关于拟南芥、水稻和杨树的L RR-RL K基因家族研究现状

1. 4 模式植物概述

1. 5 本文研究的目的与意义

1. 6 本课题研究的实验过程

第二章 番茄LRR-RLK基因家族生物信息学分析

2.1 SlLRR-RLK基因家族的检索

2.2 SlLRR-RLK基因信息的检索

2.3 SlLRR-RLK基因家族系统发生进化树构建

2. 4 结果与讨论

第三章 SlLRR-RLK基因家族基因结构的预测与分析

3.1 SlLRR-RLK基因内含子/外显子结构分析的原理及步骤

3.2 SlLRR-RLK基因家族保守域Motif分析的原理及步骤

3. 3 结果与讨论

第四章 SlLRR-RLK基因家族染色体定位与串联重复

4.1 SlLRR-RLK基因家族染色体定位原理与步骤

4.2 SlLRR-RLK基因家族串联重复的原理与步骤

4. 3 结果与分析

第五章 SlLRR-RLK基因家族组织特异性表达分析

5.1 SlLRR-RLK基因家族高通量表达数据的获取和处理方法

5. 2 基因家族组织特异性表达分析

5. 3 基因实时定量PCR

5. 4 结果与讨论

第六章 结论与展望

6. 1结论

6. 2展望

参考文献

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