氟烷基因在中国地方猪种中的分布及其PCR产物序列多态性研究

摘要

该实验采用PCR-RFLP技术检测了中国地方猪种成华猪、雅南猪、内江猪和太湖猪的氟烷基因型,并对氟烷基因PCR产物序列多态性进行了分析.PCR-RFLP分析结果表明,所酶切的196个样品(成华猪36头,内江猪60头,太湖猪62头,雅南猪30头.)氟烷基因型均为NN.在该次研究中,总共测定了五种品种(四个地方猪种和一个外种猪)16个个全659bp氟烷基因PCR产物序列.将所测的16条序列与网上下载的5条序列结合起来进行分析,分析结果表明:在这21条序列中,共发现16个变异位点,根据这些变异位点界定出15种单倍型.在这些变异位点中,其中有三个为颠换,其余的为转换.在这些变异位点中,内江猪四个个体18662位碱其均为T,而其它品种则无此突变,T<'18662>为内江猪品种特征.在其他品种内并未发现其他有品种特征的碱基突变.所测16条离列碱基组成相似.对这些序列进行分析,品种内的单倍型多样度和核苷酸多样度以及品种间的群体间平均核苷酸差异数(K)、群体间平均每位点核苷酸替代数(Dxy)、每位点净核苷酸替代数(Da)都较低.用双参数模型来计算各个品种内和品种间的遗传距离,也得到了类似的结论.氟烷基因PCR产物序列中445~579为外显子部分,仅仅发现同义突变.将所测的序列翻译为氨基酸后,没有发现有氨基酸变异.

目录

文摘

1前言

1.1氟烷基因的作用机理

1.2氟烷基因连锁群

1.3氟烷基因定位

1.4氟烷基因(或RYR1/CRC基因)克隆和序列分析

1.5氟烷基因型的鉴别

1.5.1氟烷测定法

1.5.2血液遗传标记鉴定法

1.5.3DNA诊断法

1.6氟烷基因在各个猪种中的分布

1.7氟烷基因对生产性能的影响

1.7.1氟烷基因对生长性状的影响

1.7.2氟烷基因对繁殖性能的影响

1.7.3氟烷基因对胴体品质和肉质的影响

2本研究的目的、意义

3试验方案

3.1试验猪群

3.2所需仪器设备

3.3试剂及配制

3.4采样

3.5氟烷基因型的检测

3.5.1基因组DNA抽提

3.5.2氟烷基因PCR扩增

3.5.3 PCR扩增产物的RFLP分析及氟烷基因型判定

3.6氟烷基因PCR产物的序列分析

3.6.1测序品种及数量

3.6.2氟烷基因扩增产物的回收

3.6.3测序反应

3.6.4测序反应产物的纯化

3.6.5数据分析

4实验结果与分析

4.1地方猪种氟烷基因型检测结果与分析

4.1.1基因组DNA抽提

4.1.2氟烷基因特异片段的PCR扩增

4.1.3Hal基因PCR-RFLP分析

4.2猪氟烷基因PCR产物序列分析结果

4.2.1氟烷基因PCR产物回收

4.2.2氟烷基因PCR产物序列多态性

4.2.3猪氟烷基因659bp编码区的氨基酸序列

5讨论

5.1PCR试验条件的确定

5.1.1引物的设计与筛选

5.1.2 DNA模板的要求

5.1.3引物模板比

5.1.4 TaqDNA聚合酶

5.1.5PCR反应的缓冲液

5.2猪氟烷基因型的判定

5.3猪氟烷基因多态性

5.4氟烷基因多态性与PSS的关系

5.5序列分析中所需实验条件的确定

5.5.1PCR扩增产物特异性对测序质量的影响

5.5.2测序反应后反应模板的纯化

5.5.3测序反应模板用量对测序质量的影响

6今后的研究与发展前景

7结论

参考文献

致谢

附录：猪氟烷基因PCR产物DNA序列