恒河猴高原低氧适应性基因EPAS1序列多态性的初步研究

摘要

恒河猴（Macaca mulatta）是我国分布最广泛的一种非人灵长类，本论文以恒河猴作为低氧适应研究对象。通过NCBI的SNP数据库，分析和比较人与恒河猴现有的SNP数量的差异性;利用分子生物学中的巢式PCR技术，扩增恒河猴EPAS1基因已被公布的100个位点所在的22个序列片段，分析恒河猴EPAS1基因部分SNPs的遗传变异，以检验EPAS1基因在恒河猴长期的进化选择过程中受到选择作用，为恒河猴的低氧适应机制进一步研究提供分子研究证据。
　　本研究所得结果如下:
　　1)通过测序，我们获得新SNP位点83个，这些新SNP位点在NCBI中未曾被记录，其中41％的新SNP的特异性等位基因仅在高海拔种群中被发现。
　　2)本实验在对恒河猴的100个已知SNP测序过程中，检测到SNP34个存在多态性，其中有13个位点，它们的多态性仅出现在高海拔种群中。在外显子15内，高海拔种群对GT基因型有偏向性(P=0.028，＜0.05)。
　　3)在PG3片段上SNP位点rs286734224，在高海拔种群中，与该位点相近的5个位点之间相互独立，而低海拔种群rs286734224和rs307462504位点之间高度连锁，PG5片段上SNP(rs303235021)、PG8片段上SNP(rs1941047)高海拔种群这两个位点与其相近的位点之间连锁完全不平衡，而低海拔种群该位点与其他相近的位点之间相互独立。
　　4)位于恒河猴13号染色体的位点47074767（G/T）、47074769(G/C)、47074772(T/C)，这三个位点组成的TCC基因型，仅存在于高海拔种群。rs289387673(T/C)，结合等位基因频率、杂合度值、遗传分化值的结果表明，T等位基因更能满足更多环境的需求，无论是低氧还是足氧的环境。rs292834672位点的T等位基因和rs303235021位点的A等位基因仅存在于高海拔种群中。
　　综上，生活在不同海拔下的恒河猴种群的EPAS1基因的SNP有不同的表示形式，特别是高海拔种群恒河猴的EPAS1基因为了满足低氧适应而呈现更多的独特的SNP。

目录

声明

摘要

第一章 文献综述

1恒河猴概述

1．1恒河猴分类学地位

1．2恒河猴的分布地域

2．2 EPAS1基因结构与功能

2．4 EPAS1基因与低氧适应性

3 EPAS1基因的SNP研究进展

3．1 SNP概述

3．2 SNP与其他分子标记的对比

3．3人EPAS1基因的SNP研究现状

3．4恒河猴SNP研究现状

4本研究的目的和意义

第二章基于公共数据库的人和恒河猴EPAS1基因SNP统计分析

1前言

2材料方法

2．1实验材料

2．2实验步骤

2．3数据处理

3结果

3．1人EPAS1基因内含子区SNP

3．2人EPASl基因外显子区SNP

3．3恒河猴EPASl基因内含子区SNP

3．4恒河猴EPASl基因外显子区SNP

4讨论

第三章野生恒河猴EPAS1基因多态性

2材料与方法

2．1实验材料

2．2主要仪器设备

2．3试剂与溶液

2．4粪便DNA提取

2．5基因组DNA检测

2．6聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction)

2．7数据分析

2．8遗传多态性分析

2．9中性检验

2．10生物信息学分析

3结果

3．1恒河猴粪便DNA提取质量检测

3．2 PCR产物琼脂糖凝胶电泳检测

3．3 PCR回收产物的琼脂糖凝胶电泳检测

3．4 PCR测序结果

3．6 SNP遗传多态性分析

4讨论

4．1样品采集

4．2恒河猴外显子区SNP分析

4．3恒河猴EPAS1基因新发现的SNP分析

4．4高低海拔种群SNP连锁性差异性

4．5恒河猴的EPAS1基因的SNPs与低氧适应性

第四章结论

参考文献

附表

致谢

作者简历