声明
1文献综述
1.1种群基因组学概述
1.1.1种群基因组学在海洋生物研究中的应用
1.1.2高通量测序技术简述
1.1.3基于高通量测序技术的简化基因组测序技术
1.1.4 2b-RAD简化基因组测序技术的优势
1.2 线粒体基因组基本特征
1.2.1 蛋白质编码基因
1.2.2核糖体基因
1.2.3 tRNA基因
1.2.4 非编码区
1.3研究对象
1.4研究目的及意义
2基于2b-RAD简化基因组的红条毛肤石鳖群体遗传研究
2.1 引言
2.2 材料与方法
2.2.1 样品采集
2.2.2 2b-RAD 简化基因组文库构建
2.2.3原始数据质控
2.2.4标准分析
2.2.5 差异SNP聚类分析
2.2.6 群体遗传多样性分析
2.2.7 系统发生分析
2.2.8群体结构及遗传分化分析
2.3 结果与分析
2.3.1测序数据质量
2.3.2测序数据数量
2.3.3标签数与测序深度
2.3.4种群遗传多样性
2.3.5 系统进化树
2.3.6群体遗传结构
2.3.7群体遗传分化
2.4结论
2.4.1 2b-RAD测序技术在红条毛肤石鳖种群基因组学研究中的可行性
2.4.2 红条毛肤石鳖群体遗传学分析
3基于高通量测序的红条毛肤石鳖线粒体基因组研究
3.1 引言
3.2 材料与方法
3.2.1 样品采集
3.2.2试剂与仪器
3.2.3 Illumina Hiseq 测序实验流程
3.2.4 原始数据质控
3.2.5基因组组装
3.2.6基因组注释及序列分析
3.2.7系统发生分析
3.3结果与分析
3.3.1 线粒体基因组基本结构
3.3.2基因间隔区与重叠区
3.3.3碱基偏向性分析
3.3.4蛋白质编码基因及密码子使用
3.3.5 tRNA和rRNA
3.3.6 多板纲物种系统发生
3.4 结论
4 总结与展望
4.1本研究主要结果
4.2 主要问题及后续展望
参考文献
攻读学位期间发表过的学术论文目录
致谢
版权说明
