一株赛鸽源基因Ⅵk亚型新城疫病毒的分离鉴定及其全基因组分析

摘要

新城疫是由新城疫病毒（Newcastle disease virus，NDV）引起并导致禽类高死亡率的一种烈性传染性疾病，该病毒可引起包括鸽子在内的多种禽类或鸟类发病。鸽源新城疫病毒又被称为鸽副黏病毒Ⅰ型，其基因组为单股负链、无节段RNA，共编码6个结构蛋白和2个非结构蛋白，结构基因在基因组中排列为3’-NP-P-M-F-HN-L-5’，病毒基因组长度遵循“六碱基原则”。根据对鸡的致病性可以将新城疫病毒分为强毒力毒株、中等毒力毒株和弱毒力毒株3种，鸽源新城疫病毒通常对鸽子的致病性较强，主要引起鸽子出现典型的神经症状。根据基因组大小和遗传进化分析可以将新城疫病毒分为ClassⅠ和ClassⅡ两大类，ClassⅠ分支包括基因1～9型，ClassⅡ分支包括基因Ⅰ～ⅩⅧ型，而鸽源新城疫病毒通常属于ClassⅡ基因Ⅵ型。 本研究采集陕西省西安市某赛鸽公棚疑似感染新城疫赛鸽的肝脏、脾脏、肾脏和脑等组织病料，使用9日龄SPF鸡胚分离病毒，并运用HA、HI试验验证，确定分离病毒为新城疫病毒，并命名为NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018。运用RT-PCR技术扩增NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018分离株F基因，经测序验证后进行遗传进化分析，结果显示该分离株属于ClassⅡ基因Ⅵk亚型NDV毒株。F基因同源性分析结果显示NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018分离株与上海株Pigeon/Shanghai/215/2011、Pi/China/SH/2013/163和Pi/China/SH/2013/168核苷酸同源性最高，与山东株Pigeon/China/SD069/2012、比利时株PPMV-1/Belgium/11-09620/2011氨基酸同源性最高。测定该分离株致病指数MDT（110h）和ICPI（0.31），根据OIE规定的毒力判定标准显示该毒株为弱毒力毒株。然而，该毒株F蛋白裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117，符合OIE规定的NDV强毒株的分子生物学判定标准。 以Pigeon/Shanghai/215/2011株的全基因组核苷酸序列为参考，设计6对互有重叠并包含整个NDV全基因组的引物，运用RT-PCR、分子克隆、测序和序列拼接等方法，获得NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018分离株全基因组序列，全长为15192nt。与32株NDV参考毒株进行基于全基因组水平的遗传进化和同源性分析，结果显示NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018分离株与上海株Pigeon/Shanghai/215/2011、山东株Pigeon/China/SDLC/2011、云南株Pigeon/Yunnan/1111/2013和安徽株Pigeon/Anhui/2369/2012亲缘关系较近，而与疫苗株、基因Ⅶ型毒株以及ClassⅠ毒株亲缘关系较远。各结构基因的遗传进化关系和同源性数据分析结果同全基因组分析结果相同。NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018分离株全基因组序列的分析将为鸽源NDV的遗传演化情况提供理论依据，此外，基因Ⅵk亚型新城疫病毒流传范围的扩大提示有必要对鸽子进行密切关注并开展鸽新城疫流行病学调查。

目录

文献综述

1.2 鸽新城疫国内外流行情况概述

1.3 鸽源新城疫病毒概述

1.4 新城疫病毒的毒力研究

1.5 鸽新城疫的诊断与预防

1.6 研究目的与意义

试验研究

2.1 材料与方法

2.2 结果

2.3 讨论

2.4 小结

第三章 NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018毒株全基因组序列测定及分析

3.1 材料与方法

3.2 结果

3.3 讨论

3.4 小结

结论

附录

参考文献

致谢

个人简历