蛋白质序列比较中的图形表示及其相似性分析

摘要

蛋白质结构预测是生物信息学中的重要课题,而蛋白质序列是蛋白质结构预测的基础.由此蛋白质序列的比较分析就显得尤为重要.我们在这里主要探讨的就是蛋白质序列比较中的图形表示方法和在此基础上的相似性分析方法.该文总结了蛋白质序列比较的一些已有方法和算法后,就其中的蛋白质序列的图形表示进行了详细研究,给出了3维和6维这两种图形表示方法,一种方法具有直观的优点,另一种方法具有完备描述序列特征的长处.接着,在6维图形表示的基础上,做出其相似性分析,给出某个蛋白质序列的各种距离矩阵,并就L/L矩阵给出它的最大特征值和信息熵这两个量,由于6维图形表示有三种不同形式,所以每一个蛋白质序列的最大特征值和信息熵都是一个三维向量,然后就这些向量来进行序列间的比较.得出的比较结果与已有的结果很相似.最后就相似性补充了两个蛋白质序列间最长公共子序列问题.这种图形表示方法及其相似性分析对于蛋白质序列的比较是一种新的推动力.

目录

文摘

英文文摘

0前言

0.1引言

0.2论文的结构安排

1计算分子生物学知识概论

1.1 DNA与RNA的组成与结构

1.2蛋白质的结构

1.3中心定理和遗传密码

2蛋白质序列比较的方法综述

2.1蛋白质序列的比较

2.1.1替代矩阵

2.1.2空位罚分

2.2蛋白质序列比较的常用算法

2.2.1穷举法

2.2.2试探法

2.2.3随机方法

2.2.4迭代细化方法

2.3蛋白质序列比较的其它方法

2.2蛋白质序列的图形表示方法

3蛋白质序列的图形表示

3.1 DNA序列的图形表示

3.2蛋白质序列的图形表示

3.2.1蛋白质序列的3维图形表示方法

3.2.2蛋白质序列的6维图形表示方法

4蛋白质序列的数值特征及其相似性分析

4.1蛋白质序列的数值特征

4.2蛋白质序列的相似性分析

4.2.1基于蛋白质序列六维图形表示的矩阵最大特征值法

4.2.2基于蛋白质序列的六维图形表示的信息熵法

5蛋白质序列的最长公共子序列问题

5.1蛋白质序列的最长公共子序列问题

5.2小结

6论文的总结和展望

6.1本文主要工作的小结

6.2图形表示及其相似性分析的展望

参考文献

附录一序列分析的电子邮件服务器一览表

附录二作者攻读硕士学位期间完成的学术论文

致谢

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