江苏省耐多药结核分枝杆菌分子流行病学研究

摘要

目的:
　　研究江苏省耐多药结核分枝杆菌(MDR-TB)的分子流行病学特征。
　　(1)建立以结核分枝杆菌分散重复单元一数目可变串联重复序列(mycobacterialinterspersed repetitive units-variable number tandem repeats，以下简称MIRU-VNTR)方法为基础的结核分枝杆菌基因分型系统，通过MIRU-VNTR，分析江苏省不同地区MDR-TB的遗传品系和流行优势菌株，建立MDR-TB基因组多态性数据库。
　　(2)评价MIRU-VNTR分型方法在MDR-TB流行病学中的应用，描述江苏省耐多药结核分枝杆菌的基因型分布及成簇特征，并与非MDR-TB基因型分布及成簇特征进行比较。分析MDR-TB菌株基因型与耐药基因突变间的关联性，了解结核杆菌耐药基因突变可能对菌株的遗传进化产生影响。
　　方法:
　　选取2008年江苏省耐药监测项目获得的235株MDR-TB菌株作为研究对象，并随机选取272株非MDR菌株作为对照组，MDR-TB组与非MDR-TB组比例为1∶1.2。采用国际通用的标准MIRU-VNTR24位点对纳入的全部结核分枝杆菌进行基因型检测，并采用HAIN线性探针技术对MDR-TB利福平和异烟肼的耐药突变位点进行检测。MIRU-VNTR数据通过网站http://www.miru-vntrplus.org进行聚类分析，并采用非参数检验比较两组的统计学意义，并对成簇菌株的耐药突变信息进行比较分析。
　　结果:
　　对MDR-TB和非MDR-TB的MIRU-VNTR的基因多态性进行比较，得出235株MDR分为206个基因型，其中185个独特性，有17个基因型有两株，3个基因型有3株，1个基因型有7株。成簇率为21.3％(50/235)。272株非MDR分为229个基因型，其中210个独特性，11个基因型含2株，4个基因型含3株，2个基因型含4株，1个基因型含7株，1个基因型含13株，成簇率为22.8％(62/272)，比较MDR菌株与非MDR菌株两组的成簇率，无统计学差异(x2=0.169，p值为0.681），提示MDR与非MDR在聚集性上并没有明显差异。
　　MIRU-VNTR24位点对235株MDR-TB和272株非MDR-TB进行基因检测，采用非参数检验比较发现两组在24个位点的分布上并无统计学意义，计算每个位点的分辨率指数，并挑选了分辨率指数大于0.3的13个位点，另外两组比较P值小于0.1的一个位点，共14的位点，分别为:ETRA、ETRE、MIRU10、MIRU23、MIRU26、MIRU39、MIRU40、Mtub04、Mtub21、Mtub30、Mtub39、Oub11b、Qub26、Qub4156c。比较两组24个位点与14个位点的分辨率分别为MDR-24分辨率为0.9982，非MDR-24为0.9964，MDR-14为0.9958，非MDR-14为0.9967。筛选的14个位点的分辨能力与24个位点无显著差异。
　　采用HAIN线性探针技术快速检测方法对235株MDR进行了利福平耐药基因(rpoB)和异烟肼耐药基因(katG、inhA)的突变情况检测，获得MDR-TB耐药基因突变类型，对成簇的结核分枝杆菌耐药突变位点进行进一步的分析发现成簇的结核分枝杆菌其耐药突变位点并不相似，提示菌株是否成簇与其耐药突变无直接关联。
　　结论:
　　江苏省MDR-TB与非MDR-TB在基因多态性无统计学差异。结核分枝杆菌成簇性与耐药基因无相关性。现行的普通结核病防治策略可适用于耐多药结核病的防治。

目录

声明

摘要

常用缩略词

前言

二、菌株获取

三、主要仪器设备及试剂

四、引物序列

五、实验方法

六、统计学分析

第二部分 结果

一、MIRU-VNTR分型结果

二、线性探针耐药检测结果

三、MDR-TB基因分型结果与耐药基因突变位点的关系

第三部分 讨论

总结

参考文献

文献综述 结核分枝杆菌基因分型技术研究进展

致谢

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