基于DNA甲基化模块网络的癌症预后及分子分型研究

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摘要

缩略语表

1前言

1．1癌症预后及分子分型概述

1．2 DNA甲基化概述

1．2．1 DNA甲基化的相关概念

1．2．2 DNA甲基化的检测方法

1．2．3 DNA甲基化与癌症的关系

1．3模块网络概述

1．3．1生物网络简述

1．3．2模快网络概念

1．4研究内容及意义

2材料与方法

2．1数据来源

2．2数据预处理

2．2．1基因表达数据的预处理

2．2．2 DNA甲基化数据的预处理

2．3研究方法

2．3．1癌症甲基化数据和基因表达数据在预后问题中的稳定性比较

2．3．2基于秩的方法构建基因共甲基化网络

2．3．3共甲基化网络中的基因模块挖掘

2．3．4基于置换检验构建基因模块网络

2．3．5基于K-shell方法识别核心模块网络

2．3．6生存分析验证

2．3．7基于K-means算法的癌症分子分型

3结果与分析

3．1数据稳定性评价

3．2共甲基化网络评价

3．3网络中的模块及核心模块网络的识别结果

3．4生存分析结果

3．5癌症分子分型结果

3．5．1乳腺癌分型结果

3．5．2皮肤黑色素瘤分型结果

3．5．3子宫内膜癌分型结果

3．6核心模块网络的生物学意义解析

3．6．1乳腺癌核心模块网络分析

3．6．2皮肤黑色素瘤核心模块网络分析

3．6．3子宫内膜癌核心模块网络分析

4．讨论与展望

参考文献

附录

致谢