CNHLPP构建蛋白质相互作用连锁图的生物信息学研究

摘要

中国人类肝脏蛋白质组计划(CNHLPP，ChinaHumanLiverProteomeProject)是一项具有重大实际和前瞻意义的庞大工程。湖北大学参与其中的蛋白质相互作用研究，对430个全长cDNA基因使用酵母双杂交技术进行了大规模高通量的筛库实验，取得了大量的有意义的数据。借助生物信息学的方法，利用PIN软件，利用来自于KEGG数据库的有关信号通路的基因信息，结合人肝脏表达的关键节点蛋白数据，选取了涉及分别属于64个信号通路的185个基因和245个关键节点蛋白基因共计430个全长cDNA基因用于实验研究。然后，借助多个数据库如NCBI，SWISS-PROT，KEGG，EBI，HPRD等，和软件如GeneTool，分析了整个实验过程中产生的数据，最终确认了472个相互作用对，其中422个为未经报道的相互作用对。通过酵母共转化验证得到了222个相互作用对，其中203个为未经报道的相互作用对。最终将数据通过蛋白质相互作用录入系统将未经报道的相互作用对信息提交EBI的INTACT数据库，同时使用Pajek软件对实验结果进行了可视化分析，构建了蛋白质相互作用连锁图。

目录

摘要

前言

第一部分文献综述

第二部分材料与方法

第三部分结果与分析

第四部分讨论与展望

参考文献

附录-1湖北大学诱饵基因列表

附录-2蛋白质相互作用对信息列表

附录-3硕士研究生期间发表论文情况

致谢