长白山北部林区野猪(Sus scrofa)种群遗传多样性及迁移影响因子研究

摘要

本研究通过收集长白山北部林区5个地点的140份粪便样本，结合世界粮农组织(FAO)推荐的9个微卫星标记，对5个地理种群中野猪的遗传变异水平、遗传结构、以及影响地理种群间迁移率的环境因子进行了评估。获得的主要研究结果如下:
　　本研究采用的9个微卫星位点均未出现明显的连锁现象，检测出等位基因数范围为6(SW857)～15(S0101)个，共检测到101个等位基因，且PIC值变化范围在0.625(SW857)～0.888(S0101)，均大于0.5。因此，本研究采用的9个微卫星位点均为高度多态性位点，能反映野猪种群遗传现状;
　　5个地理种群的平均等位基因数为6.978，平均有效等位基因数为4.368，私有等位基因数在1（天桥岭种群）～11（穆棱种群）个，平均观测杂合度为0.785，平均期望杂合度为0.734。5个种群的观测杂合度的差异并不大，从期望杂合度来说，遗传多样性从低到高依次为天桥岭种群、汪清种群、张广才岭南种群、穆棱种群和珲春种群。5个局域种群的9个微卫星位点中，共有6个位点偏离Hardy-Weinberg平衡(P＜0.05);
　　在适于微卫星分析的TPM模型和SMM模型的假设前提下，对野猪种群整体进行瓶颈效应检测。结果表明，Wilcoxon双尾检验的P值均大于0.05，各种群并未出现显著偏离突变-漂变平衡状况，种群近期未经历遗传瓶颈;
　　5个地理种群之间的FST值在0.023～0.070之间，种群间遗传差异较小，但种群间的遗传分化显著（P＜0.05）。AMOVA分析结果也表明，只有5％的变异来源于种群间，95％的变异来源于种群内。根据STRUCTURE的贝叶斯聚类分析结果发现，5个地理种群共分成2个遗传结构;
　　使用贝叶斯法计算地理种群间迁移率表明，天桥岭种群整体呈现向外扩散的趋势，汪清种群与天桥岭种群之间的基因交流频繁。海拔、坡向、坡度和雪深4个环境因子中，坡向与迁入迁出呈现显著的相关性，野猪倾向于迁入东南坡的生境，这可能与野猪冬季生境选择以及季风方向有关。

目录

摘要

1 绪论

1．1．1 物种介绍

1．1．2 物种分布

1．1．3 生活习性

1．2 非损伤性取样法

1．2．1 遗传取样方法

1．2．2 非损伤取样类型

1．2．3 应用前景

1．3 微卫星标记

1．3．1 分子标记技术

1．3．2 微卫星DNA

1．3．4 微卫星标记应用

1．4．1 定义与意义

1．4．2 检测方法

1．4．3 野猪遗传多样性研究现状

1．5 迁移

1．5．1 研究方法

1．5．2 研究现状

1．5．3 野猪迁移研究现状

1．6 研究内容与目的

1．6．1 研究内容

1．6．2 研究目的

2 材料与方法

2．1．1 研究区域

2．1．2 样品采集

2．2．1 实验材料

2．2．2 粪便DNA提取方法

2．2．3 肌肉DNA提取方法

2．3 引物信息

2．3．1 物种特异性引物信息

2．3．2 微卫星引物信息

2．4．3 基因分型

2．5．1 个体鉴定

2．5．2 微卫星位点检测

2．5．3 遗传参数

2．5．4 瓶颈效应检测

2．5．5 遗传结构分析

2．5．6 迁移率及影响因子

3 结果

3．1 微卫星位点检验

3．2 物种及个体鉴定

3．3 遗传参数

3．3．1 等位基因频率

3．3．2 Hardy-Weinberg平衡检验

3．3．3 遗传多样性

3．4 遗传结构

3．4．1 遗传分化

3．4．2 AMOVA分析

3．4．3 聚类分析

3．5 遗传瓶颈效应

3．6 迁移率及影响因子

4 讨论

4．1 粪便DNA

4．2 遗传多样性

4．2．1 微卫星位点多态性

4．2．2 杂合度

4．3 群体结构

4．4 遗传瓶颈效应

4．5 迁移率影响因子

4．6 保护管理建议

结论

参考文献

附录

攻读学位期间发表的学术论文

致谢

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