我国14个省市猪圆环病毒3型PCR检测及部分阳性样品的全基因组序列测定与分析

摘要

猪圆环病毒3型(Porcine circovirus type3，PCV3)是一种新型的猪圆环病毒，自从2016在美国被首次报道以来，已经在中国、韩国、波兰、意大利、巴西、德国、泰国等国家被报道流行。PCV3可能引起断奶仔猪多系统衰竭综合征(Postweaning multisystemic wasting syndrome，PMWS)、猪皮炎肾病综合征(Porcine dermatitis and nephropathy syndrome，PDNS)、繁殖障碍、猪呼吸道疾病综合征(Porcine respiratory disease complex，PRDC)、仔猪先天性震颤(congenital trem ors，CT)等临床症状。PCV3在中国多个省市已经有所报道，中国作为一个养猪大国，对于PCV3的流行需要引起足够的重视。
　　本研究收集来自14个省（直辖市）的流产胎儿和仔猪共156头，采用常规PCR方法进行检测，PCV3阳性率为25.6％(40/156)。不同日龄的猪中，流产胎儿PCV3阳性率为28.0％(28/100)，1～4周龄仔猪为22.2％(8/36)，5～8周龄保育猪为20.0％(4/20)。PCV3检出率最高的组织器官为淋巴结(17.6％，19/108)，其次为肺(17.0％，18/106)，扁桃体(14.9％，13/87)，肾(11.6％，11/95)，脑(8.5％，7/82)，脾(6.8％，6/88)，心(6.5％，6/93)，肝(5.2％，5/96)。上述结果表明，PCV3在中国部分地区广泛流行。
　　PCV3存在与多种病原混合感染的现象，这对该病的防治也是一大挑战。本研究对PCV3阳性猪（40头）的组织器官样品进行PCV2、PRRSV、PRV的PCR检测，结果显示PCV3与PCV2共感染率最高，为32.5％，与PRRSV共感染率为22.5％，与PRV共感染率为17.5％;PCV3、PCV2和PRRSV共感染率为12.5％;PCV3、PCV2和PRV共感染率为7.5％;PCV3、PCV2、PRV和PRRSV共感染率为2.5％。
　　本研究采用PCR方法对阳性病料中的PCV3全基因组分段进行扩增，将扩增片段克隆到载体，鉴定正确后送测序，拼接比对后获得4株PCV3全基因序列。通过遗传进化分析和核苷酸同源性分析，4株毒株之间的核苷酸同源性为99.1％～99.3％，与国内11株PCV3序列核苷酸同源性为98.7％～99.6％，与国外12株PCV3序列同源性为98.9％～99.5％。

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摘要

英文缩略表

第一章 猪圆环病毒3型的研究进展

1．1 病原学

1．1．1 PCV3的基因组分子结构

1．2 流行病学

1．3 临床症状

1．3．1 断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMwS)

1．3．2 猪皮炎肾病综合征(PDNS)

1．3．4 繁殖障碍

1．3．5 猪呼吸道疾病综合征(PRDC)

1．3．6 增生性坏死性肺炎(PNP)

1．3．7 其它临床症状

1．4 PCV3检测方法

1．4．1 血清学检测方法

1．4．2 分子生物学方法

1．4．3 免疫组化

1．5 PCV3的防控

1．6 研究目的与意义

第二章 我国14个省市猪圆环病毒3型的PCR检测

2．1 前言

2．2 材料

2．2．1 病料

2．2．2 仪器设备

2．2．3 试剂

2．2．4 溶液的配置

2．3 方法

2．3．1 病料的处理

2．3．2 核酸的提取

2．3．3 PCV3的检测

2．3．4 PCV2、PRRSV和PRV的检测

2．4 结果

2．4．1 PCV3的PCR检测结果

2．4．2 PCV2、PRRSV、PRV的PCR检测结果

2．5 讨论

第三章 猪圆环病毒3型全基因组序列测定与分析

3．1 前言

3．2 材料

3．2．1 样品

3．2．2 仪器设备

3．2．3 试剂

3．2．4 溶液的配置

3．3 方法

3．3．1 测序引物

3．3．2 PCV3全基因组的克隆

3．3．3 PCR产物的回收与纯化

3．3．4 PCR产物与pEASY-Blunt Cloning Vector的连接转化

3．3．5 菌落PCR鉴定阳性克隆

3．3．6 PCV3序列的测序拼接与遗传进化分析

3．4 结果

3．4．1 PCV3全基因组的PCR扩增

3．4．2 菌落PCR鉴定阳性克隆

3．4．3 PCV3序列的拼接与分析

3．4．4 我国PCV3流行毒株的遗传进化分析

3．4．5 获得序列与国内外部分代表序列核苷酸同源性分析

3．5 讨论

结论

参考文献