玉米自交系昌7-2与郑58重测序数据分析

摘要

玉米自交系昌7-2和郑58是玉米育种的核心基础材料，本研究应用生物信息学分析法对两个自交系重测序数据在基因组上的差异进行分析，并对SNP和InDel差异位点进行注释，在基因组上找到两个自交系的差异基因并注释，这些差异基因为后续分子标记和育种工作奠定了基础。主要结论如下:
　　1、普通玉米自交系昌7-2重测序数据为57G，测序深度为27.6X，共生成3.99亿条reads,与参考序列B73比对上54G，reads比对上3.79亿条，覆盖度达94.92％;郑58重测序数据为60G，重测深度为28.74X，共得到4.16亿条reads，与B73比对上54G，reads比对上3.96亿条，覆盖度为95.12％。
　　2、自交系昌7-2重测序数据与B73比对分析，共发现810.65万个差异位点，SNP位点有732.55万个，InDEL位点有78.08万个。在732.55万个SNP中，有702.52万个在基因上，38.89万个在内含子上;在编码区引起氨基酸变化的SNP有30.74万个;纯合的SNP有686.02万个，杂合的有38.63万个。78.08万个InDel中，在基因上有69.49万个，内含子上有30.02万个。
　　3、自交系郑58重测序数据与B73比对，共有654.66万个差异位点，SNP位点有596.86万个，InDel有63.1万个。在596.86万个SNP变异位点中，基因上有50.71万个，内含子上有33.99万个;引起编码区改变的有27.48万个变异位点;纯合的SNP有561.19万个，杂合的有30.36万个。63.1万个InDel差异位点中，在基因间有58.23万个，内含子上有26.69万个;纯合的INDEL有59.98万个，杂合的有3.15万个。
　　4、自交系昌7-2和郑58相比较，共有874.01万个差异位点。其中SNP位点有731.99万个，56.28万个INS位点和40.27万个DEL差异位点;在这些位点中有30.89万个位点是非同义突变，通过对非同义突变分析发现昌7-2和郑58两个自交系上有24541个差异基因，这些差异基因在10条染色体上都有分布。这些差异基因为后期分子标记和育种提供了基础。

目录

声明

致谢

摘要

1 文献综述

1．1 DNA测序技术及发展

1．1．1 一代测序技术

1．1．2 二代测序技术

1．1．3 第三代测序技术

1．1．4 第四代测序技术

1．2 全基因组De novo测序

1．3 基因组重测序及应用

1．3．1 重测序用于核心种质资源

1．3．2 重测序用于构建遗传图谱

1．3．3 重测序应用于全基因关联分析(GWAS)

1．3．4 重测序应用于突变体

1．4 本研究的目的及意义

2 昌7-2和郑58两个自交系基因组重测序

2．1 材料与方法

2．1．1 植物材料

2．1．2 DNA的提取

2．1．3 数据的处理与分析

2．2 结果与分析

2．2．1 昌7-2的测序数据分析

2．2．2 自交系郑58重测序的分析

2．2．3 昌7-2和郑58两个自交系重测序数据的汇总

3 昌7-2和郑58基因组差异分析

3．1 材料与方法

3．1．1 昌7-2和郑58基因组差异的获得

3．1．2 昌7-2和郑58差异基因获得及注释

3．2 结果与分析

3．2．1 昌7-2和郑58差异信息分析

3．2．2 昌7-2和郑58差异基因的注释

4 结论与讨论

参考文献