2013-2016年重庆地区RSV-A ON1基因型的分子流行病学研究

摘要

背景及目的：呼吸道合胞病毒（RSV）是引起 5 岁以下儿童急性呼吸道感染（ARTI）的主要病原体。本课题组前期研究发现2009年6月至2013年8月重庆地区的RSV-A的主要流行基因型为NA1型;并预测ON1基因型将是2014年至2015年重庆地区流行的主要基因型。本研究旨在探究2013年10月至2016年6月重庆地区RSV-A ON1基因型的流行情况;并进一步分析其G蛋白和F蛋白的基因变异情况。 方法：收集2013年10月至2016年6月在重庆医科大学附属儿童医院呼吸中心住院的急性呼吸道感染患儿的鼻咽抽吸物（NPAs）标本;采用Q-PCR、巢式PCR等方法进行呼吸道常见病毒的检测分型;采用RT-PCR对RSV-A阳性者进行G蛋白和F蛋白的基因扩增并测序;采用MEGA软件建立进化树;Bioedit软件行基因序列比对分析。 结果：共收集标本1700例;RSV检出阳性589例（34.6%）;其中RSV-A 391例（23%）;RSV-B 191例（11.2%）;两种亚型混合阳性7例（0.4%）。RSV-A患儿的喘息症状发生率显著高于RSV-B（P＜0.01）;重庆地区流行的RSV-A包括ON1、NA1和GA5三种基因型;其中ON1是主要流行基因型（92.4%）。与NA1基因型相比;ON1基因型患儿的湿疹史更常见;且呼吸衰竭的发生率更高（P＜0.05）;是患儿发展为重症疾病的危险因素（P=0.024;OR=1.954）。与NA1参考序列相比;ON1基因型的G蛋白有一段24个氨基酸重复序列的插入;多数存在E232G、T253K 和 P314L等突变;共有37个O-糖基化位点;6个阳性选择位点（aa 225、262、273、274、305、297、314）和9个阴性选择位点（aa230、239、242、248、253、277、285、294、303、307）。ON1 基因型的 F蛋白序列中有4.1%在抗原位点?处有点突变;6.4%在HLA*B57表位区域有点突变。另外;ON1型RSV-A G蛋白和F蛋白的进化速率分别为 4.2×10-3 nucleotide substitutions/site/year 和 8.6×10-4 Nucleotide substitutions/site/year。 结论：2013-2016 年重庆地区流行的 RSV 以 A 亚型为主;其中RSV-A的新基因型ON1型已经成为主要流行基因型。ON1型RSV-A感染的患儿更易发展为重症疾病;这可能与G蛋白氨基酸重复序列的插入、阳性选择的影响、F蛋白中和抗体识别位点?及CTL识别区域HLA*B57的基因变异等原因有关。

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