大足黑山羊与周边黑山羊品种（群体）mtDNA D-loop序列多态性研究

摘要

中国是世界上家养动物品种资源最丰富的国家之一，据近年来有关专著和报道，我国现有山羊品种48个。然而，随着外国高产家畜品种的不断引进，杂交改良、人工授精、胚胎移植工作的深入展开，使的我国古老、土著家畜品种受到严酷竞争和排挤，造成地方品种群体数量急剧下降，甚至濒临灭绝。 在我国两南地区，特别是四川盆地形成了具有浓郁地方特色的山羊品种(群体)。大足黑山羊群体是西南大学近年发现的一个具有高繁殖性能的黑山羊群体，其分布区的自然环境相对封闭，与外界基因交流较少，可作为一个独立的种群。为了保护和利用好这一遗传资源，课题组对大足黑山羊及周边地区几个黑山羊品种(群体)的遗传多样性进行了基础研究。 本研究利用mtDNA D-loop分子标记对川、渝、滇三地的5个黑山羊品种或群体(大足黑山羊、川东黑山羊、营山黑山羊、乐至黑山羊、圭山黑山羊)，共计86个个体进行遗传多样性分析。结合GenBank上的山羊mtDNA全序列，采用软件DNAMAN、BioEdit、ClustalW、MEGA4.0、DNASP对其进行了遗传多样性进化分析。通过计算遗传杂合度、多态信息含量、NEI氏遗传距离，分别用非加权配对算术平均法聚类分析和邻近结合法，分析品种(群体)之间的遗传变异情况。结果表明： 1.测试黑山羊品种(群体)mtDNA片段长度16kb左右，mtDNA D-loop片段长度为1210～1214 bp，5个黑山羊群体之间mtDNA D-loop区的部分序列中A、T、G、C含量没有明显的差别，变异碱基只要集中在400～850bp之间，在650bp处左右变异最为集中。越是伸向两端，碱基变异越少，各品种碱基组成A+T(约60％)远大于C+G(约40％)； 2.从总体上看，5个黑山羊品种均具有丰富的单倍型，共检测剑50个单倍型，群体间共有多态位点311个，其中，单一多态位点82个，简约信息位点229个，单倍型多样度(Hd)为0.91912～1.00000，核苷酸多样度(Pi(p))为0.01455-0.02171，多态位点数12.86％～29.58％：D-loop序列多样性较丰富。 3.在5个研究的黑山羊群体中，乐至黑山羊群体内的遗传距离(0.0223±0.0028)远远高于其余4个群体，与群体总的平均遗传距离接近(0.0210±0.0028)。营山黑山羊是所研究的5个黑山羊群体中，群体内遗传距离最小的群体(0.0149±0.0026)。 4.对5个黑山羊品种(群体)基于Da值、Dxy值进行聚类分析，川东黑山羊与营山黑山羊首先聚在一起，说明它们间的亲缘关系较近，后依次与大足黑山羊、乐至黑山羊、圭山黑山羊聚类。

目录

文摘

英文文摘

声明

第一章文献综述

1.线粒体及mtDNA概述

1.1线粒体

1.2线粒体DNA(mtDNA)

1.3 mtDNA的基本特征

1.4线粒体基因组的复制

1.5线粒体基因的遗传密码及RNA编辑

1.6母性遗传方式

1.7遗传自主性

1.8组织特异性

1.9线粒体基因组与核基因组的关系

2 MTDNA的多态性

2.1多态性产生的原因

3 mtDNA多态性的研究分析方法

3.1直接测序法

3.2限制性片段长度多态性(RFLP)

4 mtDNA分析的应用

4.1 mtDNA分析在物种遗传育种中的应用

4.2 mtDNA在物种鉴定与物种生物学中的应用

4.3 mtDNA分析在家畜上的应用

5 MTDNA在家畜遗传育种研究中的应用前景

6结语

第二章正文

1试验材料

1.1样品的采集与保存

1.2主要仪器设备

1.3主要药品、试剂的购买和配制

1.4试验方法

1.5数据处理及统计分析

1.6遗传距离的估算

2试验结果

2.1总DNA电泳检测图谱、mtDNA D-loop扩增图谱

2.2 mtDNA D-loop序列的碱基组成及多态性位点分析

2.3 mtDNA D-loop核苷酸多样性分析

2.4 5个黑山羊群体核苷酸序列D和F统计检验值中性检测

2.5品种(群体)间遗传距离(D)

2.6品种(群体)内及之间线粒体序列的聚类结果

3讨论

3.1 DNA的提取

3.2 PCR扩增

3.3 PCR测序

3.4遗传多样性参数分析

4结论

参考文献

第三章附录

致谢

攻读硕士学位期间发表的文章