Bioinformatics; consistency; protein evolution; sequence alignmenta;
机译:精确检测非常稀疏的序列基序
机译:精确,经济高效的特定基因序列定量检测方法的开发:利用荧光猝灭现象的特定基因序列定量检测方法的开发
机译:使用凸优化创建的稀疏模型从逆转录酶和蛋白酶氨基酸序列准确预测HIV-1药物反应
机译:精确检测非常稀疏的序列基序
机译:GeneHuggers:使用基因组序列和DNA微阵列数据对转录调节基序进行计算机检测。
机译:使用l1范数选择可准确预测药物的稀疏参数集病毒遗传序列的响应表型
机译:图4:(a)一种保守序列,其发生在芯片-SEQ数据集中的46,264个结合位点峰值中的79倍。说明了这种保守序列的突变分布,其中'_'表示该碱度不变; del表示此基础丢失; INS X表示新的基础X插入此基础前面。 (b)列出了几种重复的元素模式。 (c)在第一栏中,示出了由MEME芯片工具(Machanick&Bailey,2011)开采的前五个DNA主题。由CFSP算法发现的相应保守序列列于第二列中。在第三列中,列出了从突变信息转换的特定位置的评分矩阵。 MEME主题与PSSM格式的相似性与PSSM格式之间的相似性通过邮票图章比较工具(Mahony&Benos,2007)计算。这些对相似性的电子值显示在第四列中。 (d)在由GKMSVM描述符聚集的每个组中选择了一个图案,下面列出了CFSP算法的相应主题。 (e)从https://www.encodeproject.org收集的,有附加数据集(文件no:cernff100grl,cenf616irl,conf8.20cer,target:srebf1)。使用MEME工具在每个文件中选择前两个图案,并且我们的算法发现的相应主题如下所示。