基于RNA-Seq技术的亚低温防护大鼠放射性肺损伤的转录组学分析

摘要

目的：分析放射性肺损伤大鼠的差异表达基因,从转录组水平揭示亚低温对大鼠放射性肺损伤的防护机制. 方法：本研究随机选取10只6-8周龄雄性SD大鼠建立放射性肺损伤大鼠模型,并对其中5只进行亚低温干预,分别提取各组大鼠左侧肺组织,用BGISEQ-500平台进行测序.采用edgeR软件进行基因表达差异显著性分析.分析模型组与亚低温治疗组基因表达的变化,然后对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,并采用qRT-PCR技术对其中5个关键差异表达基因进行验证. 结果：亚低温治疗组与模型组比较有2790个差异基因(FDR＜0.001,|logFC|＞1),其中2257个基因上调,533个基因下调.5个关键基因qRT-PCR验证结果与RNA-Seq趋势一致.GO功能富集分析结果表明,这些差异表达基因与细胞结合、代谢过程及细胞膜结构等有关;KEGG通路富集分析结果表明,这些基因参与CAMs、mTOR、Tight junction及NF-κB等重要生物学通路. 结论：得到亚低温防护大鼠放射性肺损伤相关差异表达基因及作用通路,为利用模型大鼠进行亚低温相关机制和治疗研究提供了实验依据.