绵羊MRF4基因的电子克隆及生物信息学分析

摘要

目的：本研究旨在电子克隆绵羊MRF4基因cDNA序列,对基因及其编码蛋白的结构进行预测和分析. 方法：利用GenBank数据库中牛MRF4基因的cDNA序列,作为探针序列电子克隆出绵羊的MRF4基因.对绵羊MRF4基因进行开放阅读框和结构分析,与山羊、牛、猪、人、小鼠和鸡等物种进行相似性比对,并构建MRF4基因和MRF4蛋白的系统进化树;并使用相关在线工具及软件对绵羊MRF4蛋白的蛋白质二级结构、跨膜区、磷酸化位点、糖基化位点和三级结构、理化特性和功能进行预测和分析. 结果：结果表明,绵羊MRF4基因位于3号染色体上,有3个外显子,cDNA长为858bp,包含729bp的开放阅读框,可编码242个氨基酸;绵羊MRF4蛋白的谷氨酸含量最多,该蛋白质呈酸性;与绵羊MRF4基因编码区相似性由远及近依次是与山羊(99％)、牛(99％)、猪(95％)、人(94％)和小鼠(90％),说明MRF4极其保守;绵羊、山羊和牛在MRF4基因进化树和MRF4蛋白进化树中进化关系最为接近;绵羊MRF4蛋白没有跨膜结构;绵羊MRF4蛋白有29个磷酸化位点;有5个氧的糖基化位点,1个氮的糖基化位点:蛋白质的二级结构预测表明绵羊MRF4蛋白二级结构仅有α-螺旋;蛋白质的三级结构预测结果显示绵羊MRF4蛋白具有螺旋-环-螺旋结构;对于绵羊MRF4蛋白功能的预测结果表示蛋白质出现复制和转录功能、调控功能和翻译功能的概率最大. 结论：预测分析结果为绵羊MRF4基因的实验克隆和进一步功能研究奠定基础.