新型鸭呼肠孤病毒DRV-XX株全基因组序列测定及分析

摘要

本研究由广东省新兴地区疑似新型鸭呼肠孤病料样品中分离出一株病毒,命名为DRV-XX株.利用RT-PCR方法对DRV-XX株进行全基因组序列扩增,拼接获得该病毒基因组全长23419bp,对其10个基因节段进行Blast比对分析发现,该分离株与禽呼肠孤病毒(ARV)及番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的相似性较低,而和国内发表的新型鸭呼肠孤病毒(New-type duck reovirus,NDRV)相似性较高(99％),表明该分离株为NDRV.对其10个RNA节段分别进行测序及遗传进化分析,其中S3基因序列分析表明,DRV-XX与MDRV共同构成一主干支,与其S1、S2、S4、M1、M3、L1基因的一致;而M2基因进化树显示,DRV-XX与ARV处于同一主干支;由L2、L3组基因分析显示,DRV-XX与ARV在同一主干支,并有MDRV参与其中,而另一主干支为MDRV.因此,推测DRV-XX株的不同基因组节段来源不同,可能是ARV和MDRV发生同义突变,也可能是基因重组的结果.该研究丰富了NDRV的基因库,也为广东地区NDRV的防制提供一定参考依据.