饲粮NDF水平对山羊瘤胃细菌结构组成的影响研究

摘要

本研究旨在利用高通量测序技术研究饲粮NDF水平对山羊瘤胃细菌结构的影响.选用6只山羊进行3×3拉丁方试验,依据饲粮NDF水平设低(LN组)、中(MN组)和高(HN组)NDF水平共三个处理组进行饲养试验.试验分三期进行,每期试验结束后采集瘤胃内容物,提取瘤胃微生物总DNA后,用细菌通用引物进行PCR扩增,扩增产物用Illumina平台进行高通量测序后进行生物信息分析.结果表明:1)各处理组间Chaol和Shannon指数的差异均不显著(P＞0.05);LN组Observed species指数显著高于其它两组(P＜0.05),其它两组间则无显著差异(P＞0.05).2)在门水平上,三个处理组间所有细菌的相对丰度差异均不显著(P＞0.05).3)在属水平上,HN组Prevotellaceae_UCG-001、Prevotellaceae_UCG-003、Ruminococcaceae_NK4A214_group、Ruminococcaceae_UCG-005和Ruminococcaceae UCG-014的相对丰度显著高于其它两组(P＜0.05),SP3-e08和Lachnoclostridium_10显著低于其它两组(P＜0.05);LN组Succiniclasticum显著高于其它两组(P＜0.05);MN组Lysinibacillus、Bacillus和Phyllobacterium显著高于其它两组(P＜0.05),Victivallis极显著高于其它两组(P＜0.01).其余各菌属的相对丰度在处理组间的差异均不显著(P＞0.05).由此可见:饲粮NDF水平显著影响山羊瘤胃Prevotellaceae_UCG-001、PrevotellaceaeUCG-003等多种细菌属的相对丰度.