基于茉莉酸甲酯诱导的柴胡毛状根比较转录组学分析

摘要

目的：对柴胡毛状根进行转录组学分析,从转录组水平阐释柴胡次生代谢产物含量与相关酶活性关系. 方法：采用IlluminaHiseq4000对柴胡毛状根及利用茉莉酸甲酯诱导3天后的柴胡毛状根进行转录组测序分析,通过与基因数据库比对分析注释和发现差异表达基因. 结果：柴胡毛状根及利用茉莉酸甲酯诱导后的柴胡毛状根分别获得了19754820、20865859条Clean Reads,Trinity组装后得到66062条Unigene,通过与NR、GO、COG、KOG、KEGG数据库比对,最终获得43905个有注释信息的Unigene.柴胡毛状根诱导3天后有5497个基因转录表达量上升,6278个基因转录表达量下降,合计11775个差异表达基因.13075条差异表达基因被COG注释到24个功能类别中,11878条差异性表达基因被KEGG注释归属于32条代谢通路.与对照毛状根相比,利用茉莉酸甲酯诱导后的毛状根IPPI、β-AS等基因表达量上升. 结论：本研究注释了大量相关基因序列,通过本研究为后续深入的基因功能研究及柴胡皂苷合成的分子机理研究等奠定了基础.