三阴性乳腺癌lncRNA表达谱分析及AFAP1-AS1的功能研究

摘要

目的：探讨长链非编码RNA(long non-coding RNA,IncRNA)在三阴性乳腺癌中表达情况,构建三阴性乳腺癌差异表达IncRNA表达谱,筛选和鉴定与三阴性乳腺癌发生和发展密切相关的IncRNA,分析差异表达IncRNA作为三阴性乳腺癌早期诊断、侵袭转移及预后复发相关分子标志物的可行性,为三阴性乳腺癌临床诊断及治疗提供新的策略. 方法：通过RNA-Seq的方法对三阴性乳腺癌组织及癌旁正常乳腺组织进行测序,分析在肿瘤组织中显著差异表达的lncRNA的表达谱.利用生物信息学方法评估差异表达IncRNA在三阴性乳腺癌中的功能.然后选择差异显著的肌动蛋白丝相关蛋白1-反义RNA1(actin filament-associated protein1-antisense RNA1,AFAP1-AS1)进行初步功能验证.首先利用实时荧光定量PCR方法(qRT-PCR)检测102例新鲜三阴性乳腺癌组织及95例癌旁组织中AFAP1-AS1的表达情况并分析AFAP1-AS1表达与三阴性乳腺癌主要临床病理特征的相关性.并且进一步在细胞学水平验证AFAP1-AS1的生物学功能. 结果：RNA-Seq测序共检测到19949个lncRNA,其中1211个lncRNA在癌组织和癌旁正常组织中的表达量呈现显著差异.qRT-PCR检测显示AFAP1-AS1的表达水平在三阴性乳腺癌组织中比癌旁正常乳腺组织中升高了4倍.高表达AFAP1-AS1的患者更倾向于发生淋巴结转移、远处转移以及更晚的分期.在敲除AFAP1-AS1以后,三阴性乳腺癌细胞株BT-549和MDA-MB-231细胞的增殖、侵袭能显著下降. 结论：与癌旁正常乳腺组织相比,在三阴性乳腺癌组织中lncRNA的表达谱有较大改变,这些差异表达的lncRNA可能在肿瘤的生物学行为中发挥重要的调控作用.AFAP1-AS1调控了三阴性乳腺癌细胞株的增殖和侵袭能力,可能作为一个促癌基因发挥其生物学作用.