多组学整合分析在烟草新基因发现中的应用

摘要

为了更为全面的了解烟草代谢网络,发现烟草关键代谢物的调控基因,开展了烟草转录组学和代谢组学的多组学研究.实验方法:以烟草三种典型香型种植区(云南清香、贵州中间香、河南浓香)种植烟草的成熟期中部叶为材料,涉及20个产地7个烟草品种共120份样品(含6个重复),分别收集代谢组和转录组数据.烟叶样品在实验室提取RNA,利用烟草全基因组表达谱芯片采集转录组数据;用于代谢组测定的烟叶样品经过冷冻干燥后根据气质和液质分析方法的要求,分别利用有机溶剂萃取代谢物上质谱进行分析,根据NIST、Metlin等数据库和标准品对代谢物进行定性,采用相对定量方法分析气质和液质非靶向测试结果.使用Simca-P进行多变量统计分析,不同省区样品间的差异代谢物和差异基因以ANOVA分析中p＜0.05为筛选标准,使用R对代谢组和转录组数据进行相关分析,计算pearson相关系数.